Le , Agnès Callu est nommée, avec Caroline Piketty, conservateur aux Archives nationales[6]. En 2005, elle publie avec Hervé Lemoine l'ouvrage Le Patrimoine sonore et audiovisuel français: entre archives et témoignages[7]. Ce travail initial a ouvert la voie au rapport du Conseil économique et social, saisi du sujet des archives orales[8] par le Premier ministre le [9].
La version publiée de sa thèse, parue en 2011, fait l'objet d'un compte rendu dans la revue électronique Présence d'André Malraux sur la toile ()[10], dans Le Journal des arts ()[11], sur le site nonfiction.fr ()[12], et un débat est organisé dans le cadre des Mardis de l'École des Chartes, le [13].
Elle est chercheuse associée permanente à l'Institut d'histoire du temps présent et chargée de cours à l'École des chartes, où elle dirige deux séminaires: «La sociologie des élites culturelles locales de 1947 à 1989» et «L'épistémologie du dessin: concepts, lectures et interprétations XIXe – XXIesiècles». Elle est aussi chargée du département des Arts graphiques du musée des arts décoratifs de Paris. Elle est également membre de l'Institut Interdisciplinaire d'Anthropologie du Contemporain (IIAC), UMR 8177, CNRS / EHESS.
Prix Osiris 2005 de l’Institut de France, prix de la recherche 2005 du Comité d’histoire de la radiodiffusion et prix spécial 2005 de l’Inathèque pour Le Patrimoine sonore et audiovisuel français
La Réunion des musées nationaux: 1870-1940: genèse et fonctionnement (préf.Hubert Landais) (thèse pour le diplôme d'archiviste paléographe remaniée), Paris, École nationale des chartes, coll.«Mémoires et documents de l'École des chartes» (no42), , VIII + 551 (ISBN2-900791-11-1, BNF35790315),
Vincent Bebert au bleu de la forêt, Lyon, Jacques André éditeur, coll.«Dans le silence de l'atelier n°1», , 66p. (ISBN978-2-7570-0457-9, BNF41283803),
Ouvrages collectifs
Avec Patricia Gillet, Papiers Pierre-Lefranc (inventaire), Paris, Archives nationales-La Documentation française, , 174 + VIII (BNF37101090),
avec Patricia Gillet et Jean-Jacques Becker (dir.), La Quatrième République: des témoins pour l'histoire, 1947-1997, Paris, Honoré Champion, coll.«Histoire et Archives: hors série» (no3), , 253p. (BNF39068995),
avec Patricia Gillet, Lettres à Charles Maurras: amitiés politiques, lettres autographes, 1898-1952, Villeneuve-d'Ascq, Presses universitaires du Septentrion, coll.«Histoire et Civilisations», , 256p. (ISBN978-2-7574-0044-9, BNF41283803),
Dir. avec Patrick Éveno et Hervé Joly, Culture et Médias sous l’Occupation: des entreprises dans la France de Vichy, Paris, Comité des travaux historiques et scientifiques, coll.«CTHS histoire» (no39), , 390p. (ISBN978-2-7355-0700-9, BNF42119164),
Avec Christine Phal, Le Contemporain dessiné (catalogue d'exposition), Paris, Drawing Now Paris, , 76p.,
Direction, Épistémologie du dessin: concepts, lectures et interprétations: XIX-XXIe siècles, Lyon, Jacques André éditeur, coll.«Atomos n°2», , 357p. (ISBN978-2-7570-0447-0, BNF41283803).
Le Patrimoine sonore et audiovisuel français: entre archives et témoignages [préfaces de Jean Cluzel et d’Emmanuel Le Roy Ladurie, postface de Jacques Rigaud], Paris, Belin, 2005, 7 vol., 2500 p.
Voir l'article de Vincent Duclert, «Archives orales et recherche contemporaine», p.80 et 81, dans Histoire et archives de soi, Philippe Artières et Dominique Kalifa, Publications de la Sorbonne, 2002, 372 p.