1560 թվականին, Սկալիգերը մեկնել է՝ Իտալիա, այնուհետև Անգլիա և Շոտլանդիա, 1562 թվականին դարձել է կալվինիստ։ Սկալիգերը մասնակցել է կրոնական բանավեճերի որպես գիտնական և բանասեր։ Այնուհետև Սկալիգերը դարձավ պրոֆեսոր Ժնևի ակադեմիայում։
Սկալիգերի երրորդ որդին նույնպես գիտնական ու հումանիստ էր։ 12 տարեկանում Ջոզեֆին սովորում է քոլեջում։ Հոր մահից հետո 1609 թվականին մեկնում է Փարիզ, չորս տարի սովորելում Սորբոնի համալսարանում։ Արդյունքում, երիտասարդ Սկալիգերի որդին կատարելապես տիրապետում է ոչ միայն լատիներենին և հունարենին, այլ հրեական և արաբական լեզուներին։