1810 թվականից մինչև 1828 թվականները հաստատությունը հայտնի է եղել որպես Բեռլինի համալսարան (Universität zu Berlin), որից հետո՝ Ֆրիդրիխ Վիլհելմի անվան համալսարան (Friedrich-Wilhelms-Universität), իսկ ավելի ուշ, արդեն ոչ պաշտոնապես կրել է Ունտեր դեն Լինդենի համալսարան (Universität unter den Linden) (տարածքում գտնվող համանուն զբոսայգու անվամբ)։ 1949 թվականից հաստատությունն ստանում է ներկայիս անվանումը՝ ի պատիվ Վիլհելմ ֆոն Հումբոլդտի և կրտսեր եղբոր՝ մասնագիտությամբ աշխարհագետԱլեքսանդր Հումբոլդտի։
Հիմնադրման թվականին համալսարանն ունեցել է թվով 256 ուսանող, որոնց ներկայիս թիվը 2011 թվականի դրությամբ կազմում է 30 061։
Հումբոլդտի համալսարանը Բեռլինում գտնվող չորս համալսարաններից ամենահինն է։