منذ انطلاق البطولة وحتى استبدالها أو ايقافها عام 2004 تم اتباع عدة انظمة.[11] ففي بداية الأمر أقيمت البطولة بنظام الذهاب والإياب وعند التعادل بالنقاط معتمدًا في ذلك الوقت على مجموع نقاط المبارتين فقط دون الوضع في الاعتبار عدد الأهداف المسجلة،[12] وعند تعادل مجموع نقاط الفريقن من المبارتين يتم عمل مباراة فاصلة على أرض محايدة. وهي الطريقة التي كانت يتبعها اتحاد أمريكا الجنوبية لكرة القدم في بطولة كأس ليبرتادوريس.[12] وفي الفترة من 1969 و لغاية 1979 تم الاعتماد على طريقة الاتحاد الأوروبي لكرة القدم و التي يطبقها في، والتي تنص على أخذ مجموع أهداف المبارتين بالاعتبار مع تطبيق قاعدة الهدف بهدفين في أرض الخصم.[12]
لكن خلال السبعينات وبسبب أحداث العنف انسحبت العديد من الفرق الإوروبية من البطولة [13] بسبب أحداث نهائي 1969،[14] حيث اعتدى لاعبو إستوديانتيس دى لا بلاتا على لاعبي إيه سي ميلان في مباراة الأياب بمدينة بوينس آيرس الأرجنتينية. و تم إلغاء البطولة مرتين تحديداً عامي 1975 و 1978. ولهذا ومن أجل تقليل العنف الذي هدد البطولة كلها، تم إجراء تعديل أخير على نظام البطولة في 1980، فتم إقامة مباراة واحدة على أرض محايدة مع لعب ركلات الجزاء لتحديد هوية الفائز. عبرت اليابان عن استعدادها لاستضافة المباريات بذلك، ومنذ ذلك العام وبدأ عام العمل بهذا النظام حتى إيقاف البطولة في 2004، وفي نفس عام التالي تم اعتماد اسم كأس تويوتا كاسم آخر للبطولة حيث أصبحت جميع المباريات التي تلعب في اليابان برعاية شركة تويوتا للسيارات.[15]
