Proteinska banka podataka

Proteinska banka podataka, (eng. Protein Data Bank – PDB), je kolekcija 3D podataka o strukturi velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline. Podaci su tipski dobijeni rendgenskom strukturnom analizom ili proteinskom nuklearnom magnetnom rezonantnom spektroskopijom (NMR) . Stvaranju ove zbirke doprinose biolozi i biohemičari širom svijeta. PDB je slobodno dostupan na Internetu, pod nadzorom organizacije pod nazivom Svjetska proteinska banka podataka (eng. Worldwide Protein Data Bank - wwPDB).^[1][2]

Proteinska banka podataka
Logo PBP-a
Skraćenica	PDB
Datum osnivanja	1971.
Vrsta	Baza podataka
Status	Aktivna
Cilj	Struktura proteina X- kristallografija NMR-determinacija strukture
Jezik	Engleski
Veb-sajt	www.wwpdb.org www.pdbe.org www.rcsb.org/pdb www.bmrb.wisc.edu www.pdbj.org

Proteinska baza podataka je ključni resurs u oblastima strukturne biologije, kao što je strukturna genomika. Većina vodećih naučnih časopisa i pojedine agencije za finansiranje, kao što je NIH u SAD, zahtevaju od istraživača da unesu svoje podatke o strukturi proteina podatke u PDB. Njen sadržaj se smatra primarnim izvorom, a postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Naprimjer, SCOP i CATH kategorizuju strukture proteina na temelju strukturnog tipa i pretpostavljenih evolucijskih odnosa, a ontologija gena (GO) klasificira strukture na osnovu gena.^[3]

Historija

Proteinska banka podataka (PDB) je formirana 1971. godine. Njen utemeljitelj je Valter Hamilton sa Brukhaven nacionalne laboratorije. Nakon Hamiltonove smrti 1973., nadzor nad PDB-om je preuzeo Tom Koeztle. Januara 1994., za PDB rukovodioca bio je imenovan Joel Susman. Oktobra 1998.^[4] PDB je transformiran u RCSB (eng. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)^[5]. Tranzicija je završena u junu 1999. Novi direktor bila je Helen M. Berman, sa Univerziteta Rutgers (jednog od članica RCSB).^[6] Godine 2003. sa formiranjem Svjetske baze podataka (wwPDB) , PDB je postao internacionalna organizacija. Svaki od četiri wwPDB člana djeluje kao centar za depoziciju, obradu i distribuciju PDB podataka. Obrada se odnosi na činjenicu da wwPDB osoblje pregleda i anotira svaki podnijeti upis. Nakon toga, vjerodostojnost podataka se provjerava, a izvorni kod tog softvera za validaciju javno je dostupan.^[7]

Sadržaj

Proteinska baza podataka se ažurira sedmično (utorkom). U septembru 2010., PDB je imao sljedeći sadržaj^[8]:

Eksperimentalni metod	Protein	Nukleinska kiselina	Kompleksi protein/nukleinska kiselina	Ostalo	Ukupno
Difrakcija X-zraka	55480	1231	2605	17	59333
Proteinska nuklearno magnetna rezonantna spektroskopija (NMR)	7512	925	162	7	8606
Krio-elektronska mikroskopija	214	17	77	0	308
Hibrid	24	1	1	1	27
Ostalo	126	4	4	13	147
Ukupno:	63.356	2.178	2.849	38	68.421

Strukturni faktor fajl u PDB ima 48.715 struktura.

NMR podatke ima 5.901 struktura.

Ovi podaci ukazuju da je većina struktura određena difrakcijom X-zraka, dok je oko 15% struktura određeno putem protein NMR. Kad se koristi difrakcija X-zraka, dobijaju se približne koordinate atoma u proteinu. NMR eksperimenti daju procjene rastojanja između parova atoma u proteinu, čija se konformacija dobija rješavanjem problema geometrije rastojanja. Nekoliko proteinskih struktura je određeno krio-elektronskom mikroskopijom.

U prošlosti^[9] PDB je rastao približno rastu eksponencijalnom brzinom. Međutim, od 2007., brzina akumulacije novih proteina izgleda da je dostigla plato, sa 7.263 dodatnih proteina u 2007., 7.073 u 2008, i 7.448 u 2009.

Format fajla

Format fajla koji je inicijalno koristio se zove PDB fajl format. Taj originalni format je bio ograničen širinom bušenih kompjuterskih kartica na 80 slova po liniji. "Makromolekukski kristalografski informacijski fajl" format, mmCIF, počeo se primjenjivati 1996. godine,. XML verzija ovog formata, zvana PDBML, pojavila se 2005. godine.^[10] Proteinske strukture se mogu preuzeti u bilo kojem od tih formata. Grafički paketi pristupaju direktno strukturama na PDB sajtu:

• Za PDB fajlove, npr.,;
• Za PDBML (XML) fajlove, npr.

Također pogledajte

• Kristalografska baza podataka
• Proteinska struktura
• Baze podataka proteinskih struktura
• Proteopedia — kolaborativna 3D enciklopedija proteina i drugih molekula