RAG1

Recombinacijsko
aktivacijki gen 1 znan i kao RAG-1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom RAG1.^[5]

RAG1
Identifikatori
Aliasi	RAG1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 179615 MGI: 97848 HomoloGene: 387 GeneCards: RAG1
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 11 (čovjek)[1] Bend 11p12 Početak 36,510,709 bp[1] Kraj 36,593,156 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 2 (miš)[2] Bend 2 E2|2 53.88 cM Početak 101,468,627 bp[2] Kraj 101,479,846 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • sequence-specific DNA binding • protein homodimerization activity • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity • GO:0031493 histone binding • vezivanje iona cinka • vezivanje iona metala • GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • catalytic activity • nuclease activity • endonuclease activity • hydrolase activity • aktivnost sa transferazom • vezivanje identičnih proteina • double-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity Ćelijska komponenta • nukleoplazma • jedro • DNA recombinase complex • endodeoxyribonuclease complex Biološki proces • positive regulation of T cell differentiation • histone monoubiquitination • DNA recombination • negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • adaptive immune response • T cell differentiation in thymus • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • thymus development • negative regulation of thymocyte apoptotic process • T cell homeostasis • negative regulation of T cell apoptotic process • GO:0046730, GO:0046737, GO:0046738, GO:0046736 Imuni odgovor • V(D)J rekombinacija • pre-B cell allelic exclusion • B cell differentiation • metabolizam • regulation of T cell differentiation • protein autoubiquitination • visual learning • regulation of behavioral fear response • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	5896	19373
Ensembl	ENSG00000166349	ENSMUSG00000061311
UniProt	P15918	P15919
RefSeq (mRNK)	NM_000448	NM_009019
RefSeq (bjelančevina)	NP_000439 NP_001364206 NP_001364207 NP_001364208 NP_001364209	NP_033045
Lokacija (UCSC)	Chr 11: 36.51 – 36.59 Mb	Chr 2: 101.47 – 101.48 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.043 aminokiseline, a molekulska težina 119 097Da.^[6]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MAASFPPTLG		LSSAPDEIQH		PHIKFSEWKF		KLFRVRSFEK		TPEEAQKEKK
DSFEGKPSLE		QSPAVLDKAD		GQKPVPTQPL		LKAHPKFSKK		FHDNEKARGK
AIHQANLRHL		CRICGNSFRA		DEHNRRYPVH		GPVDGKTLGL		LRKKEKRATS
WPDLIAKVFR		IDVKADVDSI		HPTEFCHNCW		SIMHRKFSSA		PCEVYFPRNV
TMEWHPHTPS		CDICNTARRG		LKRKSLQPNL		QLSKKLKTVL		DQARQARQHK
RRAQARISSK		DVMKKIANCS		KIHLSTKLLA		VDFPEHFVKS		ISCQICEHIL
ADPVETNCKH		VFCRVCILRC		LKVMGSYCPS		CRYPCFPTDL		ESPVKSFLSV
LNSLMVKCPA		KECNEEVSLE		KYNHHISSHK		ESKEIFVHIN		KGGRPRQHLL
SLTRRAQKHR		LRELKLQVKA		FADKEEGGDV		KSVCMTLFLL		ALRARNEHRQ
ADELEAIMQG		KGSGLQPAVC		LAIRVNTFLS		CSQYHKMYRT		VKAITGRQIF
QPLHALRNAE		KVLLPGYHHF		EWQPPLKNVS		SSTDVGIIDG		LSGLSSSVDD
YPVDTIAKRF		RYDSALVSAL		MDMEEDILEG		MRSQDLDDYL		NGPFTVVVKE
SCDGMGDVSE		KHGSGPVVPE		KAVRFSFTIM		KITIAHSSQN		VKVFEEAKPN
SELCCKPLCL		MLADESDHET		LTAILSPLIA		EREAMKSSEL		MLELGGILRT
FKFIFRGTGY		DEKLVREVEG		LEASGSVYIC		TLCDATRLEA		SQNLVFHSIT
RSHAENLERY		EVWRSNPYHE		SVEELRDRVK		GVSAKPFIET		VPSIDALHCD
IGNAAEFYKI		FQLEIGEVYK		NPNASKEERK		RWQATLDKHL		RKKMNLKPIM
RMNGNFARKL		MTKETVDAVC		ELIPSEERHE		ALRELMDLYL		KMKPVWRSSC
PAKECPESLC		QYSFNSQRFA		ELLSTKFKYR		YEGKITNYFH		KTLAHVPEII
ERDGSIGAWA		SEGNESGNKL		FRRFRKMNAR		QSKCYEMEDV		LKHHWLYTSK
YLQKFMNAHN		ALKTSGFTMN		PQASLGDPLG		IEDSLESQDS		MEF

Funkcija

Geni RAG1 i RAG2 uglavnom su konzervirani kod ljudi. 55,99% i 55,98% kodiranih aminokiselina ne sadrže prijavljene varijante. Protei n kodiran ovim genom uključen je u antitijela i T-ćelijski receptor V (D) J rekombinacija. RAG-1 je uključen u prepoznavanje DNK supstrata, ali stabilna aktivnost vezivanja i cijepanja također zahtijeva RAG2. RAG-1/2 kompleks prepoznaje rekombinacijske signalne sekvence (RSS-ove) koji okružuju V, D i J regije u genima koji kodiraju teški i lahki lanci antitijela i komponenti receptora T-ćelija. Kompleks se veže za RSS ove i probija DNK. To dovodi do uklanjanja intervenirajuće DNK i konačne ligacije V, D i J sekvenci.^[7] Defekti ovog gena mogu uzrokovati nekoliko različitih bolesti.^[5]

Klinički značaj

Zbog ovih učinaka, delecija Rag1 koristi se u mišjim modelima bolesti za narušavanje razvoja T– i B-ćelija, te funkcionalno deletira zrele T i B ćelije iz imunkog ssistema.^[8]

Kod ljudi, nedostatak RAG-a prvi put prepoznat je kao oblik imunske disregulacije, poznat kao Omennov sindrom. Nedostatak RAG-a smatra se autosomno recesivnom bolešću. Poremećaj se općenito identificira kod dojenčadi. Potpuni gubitak funkcije u RAG1/2, glavne komponente odgovorne za rekombinacijsku aktivnost V (D) J, proizvodi ozbiljnu imunodeficijenciju kod ljudi. Hipomorfne varijante RAG-a mogu zadržati djelimičnu rekombinacijsku aktivnost^[9] i rezultira izrazitim fenotipom kombinovane imunodeficijencije sa granulomom i/ili autoimunitetom (CID-G/A).^[10][11][12] Nedostatak RAG-a može se mjeriti in vitro kvantifikacijom rekombinacijske aktivnosti.^[13][14][15] Do danas je funkcionalno ispitano 71 varijanta RAG1 i 39 RAG2 (manje od 10% potencijalnih tačkastih mutacija koje mogu uzrokovati bolest). Međutim, varijante najboljih kandidata rangirane su prema njihovoj predviđenoj kliničkoj važnosti.^[16]