Punakha (སྤུ་ན་ཁ་) és una ciutat i centre administratiu del dzongkhag Punakha, un dels 20 districtes de Bhutan, situada a la riba del riu Bugni. Punakha fou la capital d'hivern Bhutan i la seu del seu govern fins al 1955, quan es va traslladar la capital a Thimbu.