Fra 1990 er to biskopper i Uppsala stift. Ærkebiskop Antje Jackelén fungerer som biskop over Uppsala provsti, mens Ragnar Persenius er biskop over stiftets øvrige område.
Uppsala stift blev oprettet i 1164 i og med, at der blev udnævnt en ærkebiskop for Sverige, og at han snart fik sæde i Gamle Uppsala.
Frem til reformationen i 1500-tallet var det dog den danske ærkebiskop i Lund, der havde overhøjheden over kirken i Sverige.
Før 1164 var Sigtuna sædet for biskoppen i Uppland. I de første år efter 1164 fungerede Gamla Uppsala kyrka som stiftets domkirke. I 1273 blev biskoppens sæde flyttet lidt mod syd, og den nuværende by Uppsala opstod. I 1287 begyndte man at bygge Uppsala Domkirke, der dog først kunne indvies i 1435.
Fra begyndelsen omfattede Uppsala Stift alle landskaber i de nordlige dele af det nuværende Sverige og i den nordligste del af det nuværende Finland. Desuden kom bonderepublikken Jæmtland under stiftet. Verdsligt set blev Jæmtland dog norsk allerede i 1178.
Efterhånden blev de nordlige dele af stiftet udskilt til selvstændige stifter.