Seit 2002 ist er Präsident der Hochschule für bildende Künste Hamburg, am 1. Juni 2020 trat er seine 4. Amtszeit an. 2009 initiierte er die Ausstellung subvision.kunst.festival.off. zu Strategien der Vermittlung und Präsentation von Künstler:inneninitiativen in der HafenCity Hamburg. Seit 2011 lehrt er zudem als Professor für Kunstvermittlung im Studienschwerpunkt Theorie und Geschichte an der HFBK Hamburg. Er ist Mitglied in zahlreichen Jurys, Gremien, Aufsichtsräten und Stiftungen.
Während seiner Präsidentschaft ist es Martin Köttering gelungen, das Außenbild der HFBK Hamburg als international renommierte Kunsthochschule nachhaltig zu stärken und ihre grundsätzliche strategische Ausrichtung konsequent weiterzuverfolgen: Mit der Etablierung eines international anschlussfähigen, konsekutiven Bachelor- und Master-Studiengangs „Bildende Künste“ wird eine freie, transdisziplinäre künstlerische Praxis an der HFBK befördert, die hochattraktiv für Studierende und Lehrende aus der ganzen Welt ist. Die mit 40 Prozent ausgewiesene Internationalität der Studierendenschaft mit dem Abschlussziel Bachelor of Fine Arts und Master of Fine Arts korrespondiert mit einem globalen Netzwerk von Kunsthochschulen, das Martin Köttering seit 2010 mit dem Programm Art School Alliance entwickelt hat, um den Austausch und die Positionierung von Studierenden im künstlerischen Feld weltweit zu befördern. Neuberufungen von relevanten Persönlichkeiten wie Angela Bulloch, Thomas Demand, Simon Denny, Konstantin Grcic oder Angela Schanelec, Jorinde Voigt und Tobias Zielony tragen wesentlich zur Qualität und Sichtbarkeit der künstlerischen Lehre und Forschung bei, die die selbstbestimmte künstlerische Entwicklung von Studierenden maßgeblich unterstützt und einen eigenständigen Beitrag zu akuten Gesellschaftsfragen leistet. Zu den Erfolgen seiner Präsidentschaft gehört denn auch, die HFBK Hamburg als wichtigen diskursiven Aushandlungsraum für die brisanten Themen im kulturellen Feld zu etablieren, wie jüngst mit der Tagung und Publikation zur Kontroverse documenta fifteen.
Nicht zuletzt hat Martin Köttering einen Neubau am Lerchenfeld auf den Weg gebracht: Der Entwurf für das rund 3000 Quadratmeter große Atelierhaus stammt von dem Büro Winking Froh Architekten und konnte im Februar 2022 die Einweihung feiern.
subvision.kunst.festival.off., HafenCity Hamburg, 2009, mit 98weeks research project, Beirut / Artspeak, Vancouver/ Baltic Raw Org, Hamburg / Barbur, Jerusalem/ Darom, Tel Aviv/ Bell Street Project Space, Wien/ CAA/CAA (Contemporary Art Archive/Center for Art Analysis), Bukarest/ Chto delaUwas tun?, St. Petersburg/ De Service Garage+ Parachut artists Foundation, Amsterdam/ D.1.V.O. Institut, CZ-Kolin / Estaci6n, Tijuana / F.A.I.T. (Foundation Artists-lnnovationTheory), Krakau/ umschichten, Stuttgart/ Galleria Huuto, Helsinki/ Graffiti Research Lab, Vienna (vs. Memory9), London / Guestroom, London / Gugulectiv, Kapstadt/ i-cabin, London / Kling & Bang gallery, Reykjavik / Kornplot, Brüssel / Konsortium, Düsseldorf/ Kunst-Imbiss, Hamburg/ Mahony, Wien/ N55, Kopenhagen/ noroomgallery, Hamburg/ ParalSite Art Space, Hongkong / Published and be Damned, London I Sparwasser HQ, Offensive für zeitgenössische Kunst und Kommunikation, Berlin / The Hex, London / Trottoir, Hamburg / The suburban, Oak Park US
Olav Christopher Jenssen, Von Zeit zu Zeit, Zeichnungen 1992–1994 mit einem Gespräch zwischen Martin Köttering und Olav Christopher Jenssen, Nordhorn, 1995
Panamarenko, Autovision, mit einem Text von Arndt Wesemann, Nordhorn, 1995
Ralf Peters, Temperatur der Räume, Nordhorn 1995
Avery Preesmann, Bilder, Skulpturen und Zeichnungen, mit Texten von F. A. Arion, M. v. Nieuwenhuyzen und Martin Köttering, Nordhorn, 1996
Peter Heber, Zeichnungen, 1996, mit einem Text von Martin Köttering
Andrea Ostermeyer, cnicks 'n soeps, Text von Roland Scotti, Nordhorn, 1996
Dan Graham, Two Way Mirror Pevitions, mit Texten von Dan Graham, Martin Köttering und Roland Nachtigäller, Nordhorn, 1996
Störenfriede im öffentlichen Interesse, Wienand Verlag Köln, 1997, mit Texten von: Martin Köttering, Eckhard Schneider, H.M. Schulz, Jan Hoet, Andreas Denk, Dieter Ronte, Anne Duden, Peter Waterhouse, Hugo Dittberner, Veit Loers, Friedrich Wolfram Heubach, Stefan Schmidt-Wulffen, U. Frohne/Ch. Katti, Roland Nachtigäller und Gert Seile
topping out: Rob Birza, Stephen Craig, Jessica Diamond, Friedhelm Falke, Katharina Grosse, Michel Majerus, Rupprecht Matthies, Peter Santino hrsg. mit R. Nachtigäller, Nordhorn 1997
Franz Ackermann, unerwartet, Nordhorn 1997
Hamish Fulton, Die Vechte entlang gehen, Nordhorn, 1998 Jason Martin, Malerei, mit einem Text von Mark Gisbourne, 1998
Thomas Rentmeister, Skulpturen, mit Texten von Renate Wiehager/Friedrich Meschede, Nordhorn, 1998
Ernst Caramelle, Architekturbezogene Gestaltung des Konzert- und Theatersaals in Nordhorn, 1998
Jason Martin, mit einem Text von Mark Gisbourne, Nordhorn, 1998
Jan Fabre, Engel und Krieger – Strategien und Taktiken, mit Texten von G. Royden Hunt, Stefan Hertmans, Martin Köttering, Andreas Sentker, Nordhorn, 1999
Der Stein träumt - Die Kunst der Lithographie, Bilder aus der Werkstatt von Felix Bauer. Hrsg. mit Roland Nachtigäller, 1999
Peter Dombrowe, Model/weiten als Weltmodelle, mit Texten von Peter Friese und Roland Nachtigäller, Nordhorn, 1999
made for fun, mit Andreas Kaiser, soylent green, Gabriele Basch, Oliver Oefelein, Susanna Taras, Eva & Adele. Mit Texten von Volker Wortmann und Martin Köttering, Nordhorn, 2000
Franz Erhard Walther, Orte der Entstehung - Orte der Wirkung, Ausstellungen 1962–2000, Nordhorn 2000
Martin Assig, Honiggänsewiese, mit einem Text von Volker Wortmann, 2000
Guillaume Bijl, Museum für die Souvenirs der sechziger Jahre, 40 historische Objekte präsentiert von Guillaume Bijl, 2001
Katja Davar, remote hast, Nordhorn, 2001, mit Texten von Martin Köttering/Manfred Hermes
Stepanek&Maslin, mit einem Text von Susanne Prinz, Nordhorn, 2001
Hausarbeiten - der Alltag daheim, Andreas Slominski, Andreas Exner, Sabine Gross, Jochen Flinzer, Peter Rösel, Patricia Waller, Sonja Alhäuser, Christian Jankowski, Peter Brüger, Andrea Ostermeyer. Hrsg. mit R. Nachtigäller, 2001
kunstwegen, das reisebuch, mit Texten von Henning Buck, Judith Ernst, Gerhard Fliehe Boeschoten, Claudia Herstatt, Alexander Kessler, Daniel Klause, Frauke Lange, Ulrich Meyer-Spethmann, Dirk Möllmann, Roland Nachtigäller, Albert Rötterink, Mieke Scharloo, Werner Straukamp, Angelika Thill, Hrsg. mit R. Nachtigäller, Nordhorn, 2001
Franz Erhard Walther, Jugend- und Kulturgästehaus Koppe/schleuse Meppen, mit Texten von Andreas Denk und Dominik Freiherr von König, Meppen, 2002
Peter Anders, zu schön um wahr zu sein, Text von R. Nachtigäller, Nordhorn, 2002
Beate Gütschow, mit Texten von Nikolaus von Wolff und Volker Wortmann, Nordhorn, 2002
subvision.kunst.festival.off. mit Texten von Brigitte Kölle und Martin Köttering, material-Verlag der HFBK Hamburg, 2009
Jahrbücher HFBK Hamburg, seit 2003 fortlaufend
Lerchenfeld-Magazin HFBK Hamburg, seit 2008 fortlaufend
Hochschule für bildende Künste Hamburg seit 1767, mit Texten von Martin Köttering und Till Brigleb, Hamburg 2017
Kontroverse documenta fifteen. Hintergründe, Einordnungen und Analysen, hrsg. v. Martin Köttering und Sabine Boshamer, material-Verlag der HFBK Hamburg 2023 / The Controversy over documenta fifteen. Background, Interpretation, and Analysis, ed. by Martin Köttering and Sabine Boshamer, material-Verlag HFBK Hamburg 2023