Bekanntheit hat Grafton durch seine Studien zur klassischen Tradition von der Renaissance bis zum 18. Jahrhundert und zur Geschichte der Geschichtsschreibung erlangt. Zu seinen zahlreichen Büchern zählt eine profunde Studie der Gelehrsamkeit und zur Chronologie des herausragendsten Philologen der Spätrenaissance, Joseph Justus Scaliger, eine revisionistische Darstellung (zusammen mit Lisa Jardine) der Bedeutung des Bildungsprogramms der Renaissance (From Humanism to the Humanities, 1986) und in jüngster Zeit Studien zu dem AstrologenGirolamo Cardano (1999) und zu Leon Battista Alberti (2000). Die beste Einführung in seine Beschäftigung mit den Beziehungen zwischen Gelehrsamkeit und Naturwissenschaft in der Frühen Neuzeit ist wohl sein Buch Defenders of the Text (1991). Sein originellstes und zugleich zugänglichstes Werk ist The Footnote: A Curious History (1997; in der deutschen Übersetzung: Die tragischen Ursprünge der deutschen Fußnote).
mit Lisa Jardine: From Humanism to the Humanities. Education and the Liberal Arts in Fifteenth- and Sixteenth-Century Europe. Duckworth, London 1986, ISBN 0-7156-2100-9.
Forgers and Critics. Creativity and Duplicity in Western Scholarship. Princeton University Press, Princeton NJ u. a. 1990, ISBN 0-691-05544-0.
deutsch: Fälscher und Kritiker. Der Betrug in der Wissenschaft (= Kleine kulturwissenschaftliche Bibliothek. 32). Aus dem Englischen von Ebba D. Drolshagen. Wagenbach, Berlin 1991, ISBN 3-8031-5132-5 (Neuauflage: (= Wagenbachs Taschenbuch. 681). Wagenbach, Berlin 2012, ISBN 978-3-8031-2681-8).
Defenders of the Text. The Traditions of Scholarship in the Age of Science. 1450–1800. Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 1991, ISBN 0-674-19544-2.
Commerce with the Classics. Ancient Books and Renaissance Readers (= Jerome Lectures. 20). University of Michigan Press, Ann Arbor MI 1997, ISBN 0-472-10626-0.
The Footnote. A Curious History. Harvard University Press, Cambridge MA 1997, ISBN 0-674-90215-7.
deutsch: Die tragischen Ursprünge der deutschen Fußnote. Aus dem Amerikanischen übersetzt von H. Jochen Bußmann. Berlin-Verlag, Berlin 1995, ISBN 3-8270-0159-5.[4]
Cardano’s Cosmos. The Worlds and Works of a Renaissance Astrologer. Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 1999, ISBN 0-674-09555-3.
deutsch: Cardanos Kosmos. Die Welten und Werke eines Renaissance-Astrologen. Aus dem Amerikanischen von Peter Knecht. Berlin-Verlag, Berlin 1999, ISBN 3-8270-0168-4.
Leon Battista Alberti. Master Builder of the Italian Renaissance. Hill and Wang, New York NY 2000, ISBN 0-8090-9752-4.
deutsch: Leon Battista Alberti. Baumeister der Renaissance. Aus dem Amerikanischen von Jochen Bußmann. Berlin Verlag, Berlin 2002. ISBN 3-8270-0169-2.
Bring Out Your Dead. The Past as Revelation. Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 2001, ISBN 0-674-00468-X.
mit Megan Williams: Christianity and the Transformation of the Book. Origen, Eusebius, and the Library of Caesarea. The Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 2006, ISBN 0-674-02314-5.
What Was History? The Art of History in Early Modern Europe. Cambridge University Press, Cambridge MA u. a. 2007, ISBN 978-0-521-87435-9.
Worlds Made by Words. Scholarship and Community in the Modern West. Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 2009, ISBN 978-0-674-03257-6.[5]
mit Daniel Rosenberg: Cartographies of Time. A History of the Timeline. Princeton Architectural Press, New York NY 2010, ISBN 978-1-56898-763-7.
deutsch: Die Zeit in Karten. Eine Bilderreise durch die Geschichte. Aus dem Englischen von Cornelius Hartz. Philipp von Zabern, Darmstadt 2015, ISBN 978-3-8053-4936-9.
mit Joanna Weinberg: „I Have Always Loved the Holy Tongue“. Isaac Casaubon, The Jews, and a Forgotten Chapter in Renaissance Scholarship. The Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 2011, ISBN 978-0-674-04840-9.
Inky Fingers. The Making of Books in Early Modern Europe. The Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge MA u. a. 2020, ISBN 978-0-674-23717-9 cloth.
mit Maren Elisabeth Schwab: The Art of Discovery. Digging into the Past in Renaissance Europe. Princeton University Press, Princeton 2022, ISBN 978-0-691-23714-5[6]
mit Moshe Idel: Der Magus. Seine Ursprünge und seine Geschichte in verschiedenen Kulturen. Akademie Verlag, Berlin 2001, ISBN 3-05-003560-9.
mit Glenn W. Most: Canonical Texts and Scholarly Practices. A Global Comparative Approach. Cambridge University Press, Cambridge 2016, ISBN 978-1-107-10598-0.
Helmut Zedelmaier: On the Twenty-Fifth Anniversary of an Extraordinary Book: Anthony Grafton, ‚The Footnote: A Curious History‘. In: German Historical Institute London Bulletin 44,2 (November 2022), S.112–119.
In Kapitel 4 geht es um die Rolle der Note als Konversationsmittel und komisches Vehikel im späten 18. Jahrhundert, vgl. Barbara Ravelhofer: Variatio alla turca – Byrons The Giaour (1813). In: Christa Jansohn, Bodo Plachta (Hrsg.): Varianten – Variants – Variantes (= Beihefte zu Editio. 22). Niemeyer, Tübingen 2005, ISBN 3-484-29522-8, S. 157–166, S. 163, Fußnote 24.