CRISPR/Cpf1-Methode

Das CRISPR/Cpf1-Methode (englisch Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats from Prevotella and Francisella) ist eine biochemische Methode zur Erzeugung von gentechnisch veränderten Organismen.

Eigenschaften

Das CRISPR/Cpf1-System entstammt – wie auch das CRISPR/Cas9-System und das CRISPR/Cas12b-System – einem adaptiven antiviralen Abwehrmechanismus, dem CRISPR, jedoch aus den Gattungen Prevotella und Francisella.^[1] Wie bei diesem wurde und werden auf der Basis des Systems Methoden zur Nutzung des Systems als Werkzeug für die biotechnologische Forschung für verschiedene Organismen entwickelt.

Vergleich mit Cas9

Im Vergleich zum CRISPR/Cas-System ist die beim CRISPR/Cpf1-System verwendete Endonuklease Cpf1 (auch Cas12a genannt^[2]) ein kleineres Enzym, das nur eine RNA als Vorlage benötigt (keine tracrRNA), um doppelsträngige DNA an einer gezielten Stelle zu schneiden. Weiterhin besitzt Cpf1 andere Erkennungs- und Schnittstellen und erzeugt einen Basenüberhang an einem der beiden DNA-Stränge (sticky end), der möglicherweise die homologe Rekombination erleichtert.^[3] Wie für verschiedene Anwendungen des CRISPR/Cas-Systems, wurden auch für die Cpf1-basierten Genommanipulationen Patente angemeldet.^[4][5]

Unterschiede zwischen Cas9, Cpf1 und Cas12b

Eigenschaft	Cas9[3]	Cpf1 (Cas12a)[2][3]	Cas12b[6]
Struktur	2 RNA notwendig	1 RNA notwendig (keine tracrRNA)	2 RNA notwendig
Überhang	keinen (blunt end)	sticky end	sticky end
Schnittstelle	proximal zur Erkennungssequenz	distal zur Erkennungssequenz	distal zur Erkennungssequenz
Zielsequenz	G-reiches PAM	T-reiches PAM	T-reiches PAM
Zelltyp	teilende Zellen	ruhende Zellen	unbekannt

Weblinks

• Heidi Ledford: Werkzeug der Genmanipulation - Gentechnik: CRISPR verändert alles. In: Spektrum der Wissenschaft. vom 24. Juni 2015.