Die Kleine Mühl, deren Quelle in der Bräuerau (nahe Ulrichsberg und Julbach) liegt, fließt westlich der Großen Mühl Richtung Süden, bis sie nach 32 Kilometern bei Obermühl (Gemeinde Kirchberg ob der Donau) in die Donau mündet. Die mittlere Durchflussmenge beträgt 3,3m³/s.
Für das Mühlviertel, die nördlich der Donau liegende Region Oberösterreichs, ist sie zusammen mit der Großen Mühl und der Steinernen Mühl nicht namensgebend. Der Name „Mühlviertel“ kommt von „mougl“ für Berg, Erhebung, Hügel und somit von „Mugelviertel“.
Die Kleine Mühl hat ein Einzugsgebiet von 382,3 Quadratkilometern. Die größten Zuflüsse sind:[3]
