Trans-activating crRNA

Trans-activating crRNA (tracrRNA) ist eine RNA, die in Bakterien als Bestandteil des antiviralen adaptiven Immunsystems CRISPR vorkommt und zur CRISPR/Cas-Methode, CRISPRi und CRISPRa verwendet wird.

tracrRNA bei Cas9 (grün)

Eigenschaften

Die tracrRNA wird trans codiert. Sie wurde erstmals 2011 bei Streptococcus pyogenes beschrieben.^[1] Die tracrRNA bindet per Basenpaarung an die crRNA und ist Bestandteil des Ribonukleoproteinkomplexes der meisten Cas-Proteine (beispielsweise Cas9, Cas12b). Der RNA-Doppelstrang aus crRNA und tracrRNA wird über einen Schnitt durch die RNase III in die aktive Form überführt und dient dem CRISPR/Cas als Adapter zur Bindung der zu schneidenden Ziel-DNA.^[2][3][4] Zur Vereinfachung der Verwendung in einer CRISPR-basierten Methode wie die CRISPR/Cas-Methode, CRISPRi und CRISPRa wird meistens anstatt der beiden RNA (tracrRNA und crRNA) eine sgRNA verwendet.

tracrRNA-Sequenzen

Typ	Sequenz
Streptococcus pyogenes tracrRNA (Cas9)	5'-GUUGGAACCAUUCAAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUU-3'[5]
Streptococcus pyogenes tracrDNA (Cas9)	5'-GTTGGAACCATTCAAAACAGCATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTTGAAAAAGTGGCACCGAGTCGGTGCTTTTT-3'[6]
Staphylococcus aureus tracrRNA (Cas9)	5'-AUUGUACUUAUACCUAAAAUUACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUUUAUCUCGUCAACUUGUUGGCGAGAUUUUU-3'[5]
Staphylococcus aureus tracrDNA (Cas9)	5'-ATTGTACTTATACCTAAAATTACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTT-3'
Streptococcus thermophilus tracrRNA	5'-CUUACACAGUUACUUAAAUCUUGCAGAAGCUACAAAGAUAAGGCUUCAUGCCGAAAUCAACACCCUGUCAUUUUAUGGCAGGGUGUUUU-3'[5]
Streptococcus thermophilus tracrDNA	5'-CTTACACAGTTACTTAAATCTTGCAGAAGCTACAAAGATAAGGCTTCATGCCGAAATCAACACCCTGTCATTTTATGGCAGGGTGTTTT-3'
Corynebacterium diphtheriae tracrRNA	5'-AGUCACUAACUUAAUUAAAUAGAACUGAACCUCAGUAAGCAUUGGCUCGUUUCCAAUGUUGAUUGCUCCGCCGGUGCUCCUUAUUUUUAAGGGCGCCGGCUUUCUU-3'[5]
Corynebacterium diphtheriae tracrDNA	5'-AGTCACTAACTTAATTAAATAGAACTGAACCTCAGTAAGCATTGGCTCGTTTCCAATGTTGATTGCTCCGCCGGTGCTCCTTATTTTTAAGGGCGCCGGCTTTCTT-3'
Alicyclobacillus acidoterrestris tracrRNA (Cas12b)	5'-GUCUAGAGGACAGAAUUUUUCAACGGGUGUGCCAAUGGCCACUUUCCAGGUGGCAAAGCCCGUUGAGCUUCUCAAAAAA-3'[7]
Alicyclobacillus acidoterrestris tracrDNA (Cas12b)	5'-GTCTAGAGGACAGAATTTTTCAACGGGTGTGCCAATGGCCACTTTCCAGGTGGCAAAGCCCGTTGAGCTTCTCAAAAAA-3'