Atapupu ist ein Ort im Nordosten des indonesischen Westtimors auf einer Meereshöhe von 195 m, trotz seiner Lage nah der Sawusee. Er gehört zum Desa Jenilu. Von hier aus führt eine Straße zum zwölf Kilometer entfernten Batugade. Der Grenzort liegt bereits in Osttimor. 25 Kilometer südlich liegt die Distriktshauptstadt Atambua.