Bödexen ist der drittkleinste Stadtteil der Mittelstadt Höxter und liegt am Fuß des Köterbergs, im Osten Nordrhein-Westfalens. Der Ort, der von dem Mühlenbach durchflossen wird, der am Ende des Dorfes in die Saumer mündet, befindet sich 203 m ü. NN über dem Meeresspiegel.