Das Naturschutzgebiet Gelmerheide liegt auf dem Gebiet der kreisfreien Stadt Münster in Nordrhein-Westfalen. Das Gebiet erstreckt sich nordöstlich der Kernstadt Münster. Westlich verläuft die B 219, östlich fließt der Dortmund-Ems-Kanal. Nördlich erstreckt sich das 228,2 ha große Naturschutzgebiet (NSG) Rieselfelder Münster und östlich das 10,45 ha große NSG Huronensee.