Das Naturschutzgebiet Lothewiesen liegt auf dem Gebiet der Stadt Paderborn im Kreis Paderborn in Nordrhein-Westfalen. Das Gebiet erstreckt sich am nordöstlichen Stadtrand von Paderborn. Hindurch verläuft die Kreisstraße K 29, westlich des Gebietes die K 38 und südlich die Landesstraße L 755. Durch das Gebiet hindurch und an seinem westlichen Rand fließt der Rothebach, ein rechter Zufluss der Pader.