Macornay ist eine französische Gemeinde im Département Jura in der Region Bourgogne-Franche-Comté. Sie gehört zum Arrondissement Lons-le-Saunier und zum Kanton Lons-le-Saunier-2. Das Gemeindegebiet wird vom Flüsschen Sorne durchquert. Die Nachbargemeinden sind Lons-le-Saunier im Norden, Montaigu im Nordosten, Moiron im Osten, Bornay im Südosten, Geruge im Südwesten und Courbouzon im Westen.