Manyo County ist eine Verwaltungseinheit im Bundesstaat Upper Nile des Südsudan. Das Gebiet umfasst eine Fläche von 6.684 km² und 2008 wurde die Einwohnerschaft auf 38.010 Personen geschätzt. Die Einwohner gehören hauptsächlich zur Ethnie der Shilluk, die hauptsächlich von Fischfang und Landwirtschaft leben.