Mtwapa ist eine Stadt im Kilifi County in Kenia. Die Stadt liegt etwa 16 Kilometer nordöstlich von Mombasa an der Straße Mombasa–Malindi. In der Stadt befindet sich auch die Endstation der Mombasa-Mtwapa-Mataturoute. Der Mtwapa Creek ist ein Meeresarm des Indischen Ozeans bei Mtwapa, der die Grenze zwischen Mombasa und Mtwapa bildet. Mtwapa Creek ist ein Ausgangspunkt für Hochseeangeltouren. Als Satellitenstadt ist sie Teil der Metropolregion von Mombasa.