Saint-Lothain ist eine französische Gemeinde mit 461 Einwohnern im Département Jura in der Region Bourgogne-Franche-Comté. Sie gehört zum Arrondissement Dole und zum Kanton Bletterans. Die Bewohner nennen sich Saint-Lothinois oder Saint-Lothinoises. Die Nachbargemeinden sind Villerserine im Norden, Tourmont im Nordosten, Poligny und Miéry im Osten, Passenans und Frontenay im Süden, Darbonnay und Saint-Lamain im Westen sowie Bersaillin im Nordwesten.