Das Naturschutzgebiet Wehrstroot liegt auf dem Gebiet der Gemeinde Hopsten im Kreis Steinfurt in Nordrhein-Westfalen. Das aus zwei Teilflächen bestehende Gebiet erstreckt sich nördlich des Kernortes Hopsten und südlich von Schale, einem Ortsteil der Gemeinde Hopsten. Am südlichen Rand des Gebietes fließt der Bardelgraben, unweit südwestlich verläuft die Landesgrenze zu Niedersachsen. Östlich erstreckt sich das 138,6 ha große Naturschutzgebiet Halverder Aa-Niederung.