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En fisiología microbiana, se dice que un microorganismo es auxótrofo cuando solo es capaz de proliferar en un medio de cultivo si a este se ha añadido alguna sustancia específica, que el tipo silvestre, llamado protótrofo, no requiere, porque es capaz de sintetizarla.
Típicamente, la genética subyacente a una auxotrofia es la carencia de una ruta metabólica funcional que genere la sustancia de la que depende el auxótrofo. Esta carencia suele deberse a una mutación que genera un alelo nulo carente de capacidad biológica. Por ejemplo, existen cepas de levaduras empleadas en el laboratorio que, debido a una carencia en una enzima requerida para la síntesis de uracilo, precisan de este en el medio de cultivo para poder crecer.
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