El rio Choluteca nace el departamento de Francisco Morazán en la montaña de hierbabuena pasando por la capital de Honduras. Tegucigalpa, luego por el barrio abajo acompañandose de varios afluentes recorriendo pueblos como cantarranas, villa De Francisco, moroceli y siguiendo su trayectoria hacia Choluteca donde es navegable y su desembocaduras es en el departamento de Choluteca de donde sale su nombre. Su recorrido cruza por el municipio del Distrito Central dividiendo así a las ciudades gemelas de Comayagüela y Tegucigalpa que en conjunto conforman la capital del país.