Kiskonjoen–Perniönjoen vesistö on Suomen päävesistöalue, joka sijaitsee Lounais-Suomessa Varsinais-Suomen ja Uudenmaan maakunnissa. Vesistö koostuu kahdesta jokisysteemistä, Kiskonjoesta ja siihen laskevasta Perniönjoesta. Vesistö rajautuu länsipuolella Uskelanjoen ja itäpuolella Karjaanjoen vesistöön. Alueen järvisyys on 5,67 %.