Épidémiologie de la grippe aviaire
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Alors qu'on a d'abord beaucoup accusé les oiseaux sauvages de 2003 à 2005, la contamination des élevages semble finalement être le problème le plus fréquent. Elle est classiquement attribuée à une contagion à partir d'autres élevages ou initialement à partir d'un oiseaux sauvages (élevages situés sur le trajet d'oiseaux migrateurs par exemple), mais le virus hautement pathogène peut émerger par mutation ou recombinaison au sein des élevages eux-mêmes, d'autant plus facilement que l'immunité des oiseaux domestiquées est très affaiblie ou modifiée par rapport à celle des oiseaux sauvages.
La contamination peut ensuite diffuser via des échanges d'oiseaux, de poussins et d'œufs ou de la circulation d'engins ou matériels contaminés…Des données récentes provenant de l'analyse génétique des virus asiatiques laissent penser que le H5N1 HP trouvé chez les oiseaux sauvages est apparu dans un élevage.
Un foyer produit par une souche peu pathogène et peu diffusible peut rester localisé (sporadique) et s'éteindre de lui-même, sans grand impact économique. Une souche hautement pathogène peut en quelques mois se répandre dans une région (commerce d'oiseaux, œufs, sous-produits, matériels ou personnes souillés…) en causant de graves pertes. Et en quelques années elle peut coloniser un continent ou une grande partie du monde.
Des formes enzootiques peuvent s'entretenir localement, voire exceptionnellement passer à l'homme.