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Liste des fleuves, rivières et autres cours d'eau qui parcourent en partie ou en totalité le département du Jura (39). La liste présente les cours d'eau, généralement de plus de 10 km de longueur, sauf exceptions.
selon le SANDRE[S 42]ou selon la carte piscicole du Jura[1].
Le Jura n'est pas traversé par des fleuves: son bassin versant principal est celui du Rhône avec ses affluents en particulier ceux de la Saône et du Doubs, de l'Ain et de la Valserine, tandis que son bassin versant secondaire est celui du Rhin par l'Orbe.
La Sonnette (source à Grusse commune de Val-Sonnette - environ 20 km - se jette dans la Vallière aux abords de Sagy en Saône et Loire)
Le Grelot (source à La Combe de Rotalier, commune de Rotalier - environ 5 km - se jette dans la Sonnette proche du hameau de Bonnaisod, commune de Val-Sonnette)
Le canal du Moulin [canal du moulin] à Parcey[BH 16],