Le territoire de la municipalité couvre 16% de la superficie de l'île d'Orléans, à l'est de Sainte-Famille et de Saint-Jean-de-l'Île-d'Orléans. Fondée en 1679, la paroisse a été érigée canoniquement en 1714 sous la dénomination Saint-François-de-Sales. La dénomination retenue célèbre le souvenir de François Berthelot, comte de Jouy et de Saint-Laurent, conseiller de Paris au Parlement et seigneur de l'île d'Orléans (1675) au moment de la création de la paroisse.
Cette appellation a été transférée telle quelle à la municipalité de paroisse établie en 1855, laquelle n'est exclusivement identifiée que sous la dénomination abrégée Saint-François. En 2003, la municipalité de la paroisse de Saint-François devenait la municipalité de Saint-François-de-l'Île-d'Orléans.
L'église de Saint-François, construite en 1734, était fabriquée en pierre. En 1988, un accident d'automobile déclenche un incendie qui ravage cette église, l'une des plus vieilles de l'île. Elle a été reconstruite en 1992.
Une partie du parc national des Grands-Jardins est recouverte d'une végétation de type taïga que l'on retrouve habituellement seulement dans le grand Nord québécois.
J'en ai maintenant quarante-deux et j'ai vu bien des villes depuis, mais jamais aucune ne m'a paru plus belle, plus enviable que Québec, vue de la lucarne de la rue Saint-Gabriel, rêvée du haut de mes six ans, Québec qui brillait doucement au-dessus de la masse sombre des arbres. Québec où, plus tard, Chopin et les livres usés de l'Institut Canadien, Apollinaire et les canons figés des remparts sous le clocher argenté du Séminaire m'ont permis de rêver encore, m'ont appris à m'échapper à travers l'imaginaire.