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discipline académique De Wikipédia, l'encyclopédie libre
La génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'une cellule, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène.
La génomique se divise en deux branches :
| Partie de | |
|---|---|
| Pratiqué par |
Génomicien ou génomicienne (d) |
| Objet |
La génomique est l'équivalent de la protéomique pour le protéome (ensemble des protéine d'une cellule) ou de la métabolomique pour les métabolites, par exemple.
L'essor de cette discipline a été facilité par le développement des techniques de séquençage des génomes et la bio-informatique.
Connaitre la séquence nucléotidique permet une multitude d'études :
Cette branche de la génomique regroupe toutes les analyses de la structure des génomes (Ici « structure » est entendu au sens « organisation des génomes ») ; Les méthodes concernées sont donc le séquençage des génomes, l'identification des gènes, des séquences régulatrices, des séquences répétées, etc.
L'annotation des génomes est une analyse informatique des séquences obtenues lors du séquençage permettant d'identifier les séquences informatives des génomes. Ces séquences sont principalement les gènes (on parle alors de prédiction de gènes). La plupart de ceux-ci sont identifiés soit par leur similitude avec des gènes déjà connus, soit par une prédiction en fonction de la séquence (présence d'un cadre de lecture ouvert [ORF : 'Open reading Frame', séquence entre deux codons STOP] contenant un codon d'initiation de la traduction (ATG pour la majorité des eucryotes), puis au moins 100 codons et enfin un codon stop. Mais il existe aussi des « gènes morcelés » (contenant des introns) ou codant des ARN fonctionnels, ceux-ci doivent être prédit par des algorithmes différents.
Les gènes ne sont pas les seules cibles de l'annotation des génomes, il existe de nombreux autres types de séquences importantes dans les génomes ; les séquences régulatrices, les éléments transposables, etc.
Une fois les génomes annotés, l'étape suivante sera la recherche de la fonction des séquences informatives identifiées. La génomique fonctionnelle peut être considérée comme de la génétique à « haut débit ». Les techniques utilisées seront comparables, mais généralement appliquées à un grand nombre de gènes en parallèle, cela peut par exemple être la création de mutants et l'analyse de leurs phénotypes pour toute une famille de gènes, ou l'analyse de l'expression de tous les gènes d'un organisme entier.
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