אוכלוסייה (population): אוסף פרטים בני אותו מין הנמצאים באותו מרחב פיזי-גאוגרפי ושקיים ביניהם פוטנציאל רבייה ויחסי גומלין כמו תחרות והדדיות. כאשר תת-האוכלוסיות מבודדות ואינן מקיימות יחסי גומלין, הן הופכות לאוכלוסיות נפרדות. האוכלוסייה מהווה יחידה מרכזית במחקר האקולוגי, ואילו תהליכים ברמת האורגניזם הבודד נחקרים בעיקר על-מנת להבין את השפעתם על תהליכים ברמת האוכלוסייה.
אוכלוסיית על (Metapopulation): אוסף תת-אוכלוסיות.
אוטאקולוגיה, אוטואקולוגיה (autecology, autoecology): חקר יחסי הגומלין בין פרטים ממין מסוים, ובינם לבין סביבתם. כולל בתוכו את התחומים: אקולוגיה פיזיולוגית, אקולוגיה התנהגותית ואקולוגיה של אוכלוסיות.
הטרוטרוף (heterotroph): אורגניזם אשר חייב לצרוך תרכובות אורגניות מסביבתו על-מנת להתקיים.
הטרוטרוף ראשוני (primary heterotroph): הטרוטרוף הצורך באופן ישיר אוטוטרופים, היינו צמחוני.
הטרוטרוף שניוני (secondary heterotroph): הטרוטרוף הצורך הטרוטרופים אחרים, היינו טורף.
הסוואה (Camouflage): שיטה לגרום לדבר מה להיטמע בשטח מבחינה ויזואלית ולעיתים גם מבחינה אקוסטית או תרמית (בהתאם לתנאי השטח ולצורך בהסוואה).
התחממות עולמית (Climate change): העלייה בטמפרטורה הממוצעת של פני השטח של כדור הארץ. תהליך זה החל בהדרגה עם התפתחות המהפכה התעשייתית, והוא מתרחש בקצב חסר תקדים במהלך מאה השנים האחרונות.
חברה (Community): אוסף האוכלוסיות של מינים שונים הנמצאים באותו מרחב פיזי-גאוגרפי ושקיים ביניהן פוטנציאל ליחסי גומלין כגון תחרות, טריפה, הדדיות, טפילות וכו'. מחקר של חברות אקולוגיות מתבצע בשילוב של גישה רדוקציוניסטית (ניתוח מפורש של מספר קטן של אוכלוסיות ויחסי הגומלין ביניהן) וגישה הוליסטית (ניתוח התופעות הכוללות בחברה מרובת אוכלוסיות מבלי להתייחס במפורש לתהליכים בתוך האוכלוסיות).
כושר נשיאה (Carrying capacity): מדד המציין את מספר הפרטים של מין מסוים היכולים להתקיים לאורך זמן בסביבה בעלת משאבים מסוימים. (על-פי-רוב, קצב התמותה שווה בתנאים אלו לקצב הילודה).
כמוהטרוטרוף (chemoheterotroph): הטרוטרוף המפיק אנרגיה מפירוק תרכובות אורגניות.
מ
מגה-פאונה כריזמטית (Charismatic megafauna): מונח למיני בעלי חיים גדולים, הבולטים בסביבתם, מעוררים עניין וגוררים חיבה או התנגדות לפגיעה בהם יותר מאשר בעלי חיים אחרים, פשוטים יותר.
מין פולש (Invasive species): מין אשר הופץ בעקבות פעילות האדם לאזור שמחוץ לתחום תפוצתו הטבעית, והצליח לייסד במקום זה אוכלוסייה המתרבה ללא התערבות נוספת בידי האדם, ואף מצליחה להתפשט.
מערכת אקולוגית (Ecosystem): מערכת של תנאים ביוטיים וא-ביוטיים שמקיימים ביניהם יחסי גומלין.
סינאקולוגיה (synecology): חקר יחסי הגומלין בתוך חברות, וביניהן לבין סביבתן.
ע
עומד (Stand): כל הפרטים בני מין מסוים הנמצאים באותו אתר, כך שהם מחלקים ביניהם מאגר משאבים משותף ומקיימים בהסתברות גבוהה יחסי רבייה ביניהם (כלומר שהם קרובים גנטית זה לזה). עומָדים רבים מרכיבים את האוכלוסייה של המין. על פי רוב משתמשים במושג עומד כדי לתאר יחידות משנה של חברת הצמחים, או את כלל הפרטים בני מין מסוים שנמצאים ביחידת משנה של חברת הצמחים.
פ
פוטוהטרוטרוף (photoheterotroph): הטרוטרוף המפיק אנרגיה בנצלו את אור השמש. היצורים הפוטוהטרוטרופים היחידים הם החידקים הארגמניים.
קומנסליזם (Commensalism): סוג של סימביוזה (צַוותאוּת) בין שני יצורים חיים (אורגניזמים) ובה יצור אחד מפיק תועלת מן השיתוף עם השני, מבלי להשפיע עליו או להזיק לו.
קליימקס (Climax): מצב בו כלל האורגניזמים בבית גידול מסוים נמצא בשיווי משקל, כך שכל אורגניזם שמת מוחלף באורגניזם דומה.
רְצוּעַת מִנְשָׁק או אקוטון (ecotone): אזור הגבול והמעבר בין שתי חברות אקולוגיות או בין שני בתי גידול.
ש
שיתוף פעולה (Cooperation): מצב בו ישויות שונות מפיקות תועלת זו מפעולתה של זו ותלויות זו בפעולתה של זו.
שפעה (abundance): הייצוג היחסי של מין מסוים בחברה. מדד המתאר את מספר הפרטים היחסי של המין ולעיתים גם את הביומסה היחסית. לעיתים משתמשים במונח גם לתיאור של כמות מוחלטת.
ת
תפוצה (Range): מרחב המחיה הגאוגרפי או האקולוגי של טקסון מסוים.