A PubMed szabad keresőmotor, mely elsősorban a MEDLINE hivatkozás- és ismertető-adatbázisban keres természettudományos és orvostudományi témájú források közt. A National Institutes of Health egyik intézete, a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) tartja fenn a rendszert az Entrez részeként.[1]
| PubMed | |
 | |
| Vállalkozás típusa |
|
| Oldal típusa |
|
| Elérhető nyelv(ek) | angol |
| Alapítva | 1997 |
| Származási ország | Amerikai Egyesült Államok |
| Tulajdonos |
|
| URL | pubmed.ncbi.nlm.nih.gov |
 A Wikimédia Commons tartalmaz PubMed témájú médiaállományokat. | |
1971 és 1997 közt a MEDLINE-hoz elsősorban intézetek, például egyetemi könyvtárak útján lehetett hozzáférni.[2] Az 1996 januárjában megjelent PubMed lehetővé tette a szabad otthoni MEDLINE-keresést.[3] A PubMed 1997 júniusától működik nyilvánosan.[2]
A MEDLINE mellett a PubMed hozzáférést nyújt az alábbiakhoz:
- a nyomtatott Index Medicus régebbi hivatkozásai (1951-es és korábbi változatokhoz)
- egyes, az Index Medicusban és a MEDLINE-ban való megjelenés előtti folyóiratok (például a Science, BMJ és Annals of Surgery) hivatkozásai
- egy cikk rekordjainak korábbi bejegyzései a Medical Subject Headingsbe (MeSH) és a MEDLINE-ba való bekerülés előtt
- teljesen elérhető könyvek és más NLM-rekordok részhalmazai[4]
- PMC-jegyzetek
- NCBI Bookshelf
Számos PubMed-rekord tartalmazza a teljes szövegek hivatkozásait, ezek egy része nyilvánosan elérhető például a PubMed Centralben[5] és helyi tükrözésekben, például az Europe PubMed Centralben.[6]
A MEDLINE-ban indexelt és PubMeddel elérhető folyóiratok listája megtalálható az NLM katalógusában.[7]
2023. november 30-án a PubMed több mint 38 millió hivatkozást és ismertetőt tartalmazott 1966-ig, szelektíven 1865-ig, nagyon szelektíven 1809-ig visszamenőleg. Ugyanekkor mintegy 25,3 millió rekordnak volt ismertetője, és 27,5 millióhoz van teljes szöveges változat, ebből 11,4 millió férhető hozzá ingyen.[8] 2010 és 2019 közt átlagosan évente közel egymillió új rekord került az adatbázisba.
2016-ban az NLM megváltoztatta az indexelési rendszert, így a kiadók közvetlenül javíthatják az indexelt cikkek hibáit.[9]
A PubMed néhány hamis folyóirat cikkét is indexelte. A MEDLINE és a PubMed folyóirat-kiválasztási szabályai kissé mások. A kritériumok és a PubMed Centralbe való indexelési eljárás gyengeségei lehetővé teszik hamis folyóiratok kerülését a PubMedbe.[10] A National Library of Medicine válasza szerint az egyes cikkek bekerülhetnek a PMC-be a kutatástámogatók nyilvános elérési szabályai értelmében, és szigorú szabályok teszik lehetővé az NLM-adatbázisok integritását.[11]
Weblaptervezés
Új PubMed-felület jelent meg 2009 októberében, és lehetővé tette a gyors, Google-szerű keresést („táviratos” keresés).[12] Alapértelmezés szerint az eredmények dátum szerint vannak rendezve, de rendezhetők egyezéspontosság, kiadás, első és utolsó szerző, folyóirat és cím szerint is.[13]
A PubMed weblap tervezése és doménje 2020 januárjában frissült, május 15-én alapértelmezett lett, frissített és új funkciókkal.[14] Ezt számos, az oldalt gyakran használó kutató kritizálta.[15]
PubMed mobilokra
A PubMed/MEDLINE elérhető kézi eszközökön is például az NLM PICO-jával (fókuszált klinikai kérdésekhez).[16] Elérhető továbbá az egyszerűsített, mobilbarát PubMed Mobile is.[17]
Keresés
Hagyományos keresés
Egyszerű keresés végezhető a PubMeden a tárgy fontos aspektusainak bevitelével a keresőablakba.
A PubMed ezt lefordítja, és automatikusan hozzáad mezőneveket, megfelelő MeSH-fogalmakat, szinonimákat, Boole-operátorokat, és megfelelően ágyazza be a kapott fogalmakat, javítva a keresés megfogalmazását, különösen a szövegszavak és MeSH-fogalmak OR (vagy) operátorral való összekapcsolásával.[18]
A PubMed-útmutatóban szereplő példák[18] bemutatják ennek működését:
„A Causes Sleep Walking fordítása: ("etiology"[Subheading] OR "etiology"[All Fields] OR "causes"[All Fields] OR "causality"[MeSH Terms] OR "causality"[All Fields]) AND ("somnambulism"[MeSH Terms] OR "somnambulism"[All Fields] OR ("sleep"[All Fields] AND "walking"[All Fields]) OR "sleep walking"[All Fields])”
Ugyanígy:
„a soft Attack Aspirin Prevention fordítása: ("myocardial infarction"[MeSH Terms] OR ("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All Fields]) OR "myocardial infarction"[All Fields] OR ("heart"[All Fields] AND "attack"[All Fields]) OR "heart attack"[All Fields]) AND ("aspirin"[MeSH Terms] OR "aspirin"[All Fields]) AND ("prevention and control"[Subheading] OR ("prevention"[All Fields] AND "control"[All Fields]) OR "prevention and control"[All Fields] OR "prevention"[All Fields])”
Átfogó keresés
A PubMeden való optimális kereséshez fontos a működéséhez alapvető MEDLINE és az abban lévő cikkek indexeléséhez szükséges MeSH működését. Ehhez összetett keresések, mezőnevek használata, a korlátok és más funkciók megfelelő használata kell, a referenciakönyvtárosok és keresésspecialisták segíthetik a keresést.[19][20]
A keresés a PubMed keresőablakában csak egyértelmű témákhoz, MeSH-fejléc nélküli új eljárásokhoz, gyógyszermárkákhoz és tulajdonnevekhez ajánlott. Ezenkívül hasznos lehet akkor is, ha nincs megfelelő fejléc, vagy a leírás részleges. A MeSH-t használó keresés pontosabb, és kevesebb irreleváns eredményt ad. Ezenkívül a szabad szöveges keresés se jellemző rá, ahol az írásmód, a szám és a rövidítések különbségei is figyelembe veendő. De az újabban az adatbázisba került, leírással még nem rendelkező cikkek nem találhatók meg így. Így a kimerítő kereséshez az irányított nyelvi fejlécek és a szabad szöveges terminusok vegyesen használandók.[21]
Folyóiratcikk-paraméterek
Egy cikk indexelésekor számos cikkparamétert kivonnak és strukturált információként tárolnak. Ilyenek például a cikktípus (például „klinikai kísérlet”), a másodlagos azonosítók (MeSH-fogalmak), nyelv, ország, közlési történet (e- és nyomtatott közlés dátuma).
Publikációtípus: klinikai lekérdezések/szisztematikus elemzések
A publikációtípus-paraméter lehetővé teszi a publikáció típusa szerinti keresést, beleértve a különböző klinikaikutatás-típusokról szóló beszámolókat.[22]
Másodlagos azonosító
2005 júliusától a MEDLINE cikkindexelő folyamata az ismertetőből kivonja és egy másodlagosazonosító- (SI) mezőbe teszi az azonosítókat. Ez különböző molekulaszekvencia-, génexpresszió-, vegyület- vagy kísérletazonosítókat tároló adatbázisok hozzáférési számait tárolja. Klinikai kísérletekhez a PubMed kivonja a két legnagyobb kísérletleíró adatbázisban, a ClinicalTrials.gov-ban (NCT-azonosító) és az International Standard Randomized Controlled Trial Number Registerben (IRCTN) tárolt klinikaikísérlet-azonosítókat.[23]
További cikkek
Egy különösen relevánsnak ítélt referencia megjelölhető, és a kapcsolódó cikkek azonosíthatók. Ha releváns, számos tanulmány kiválasztható, és az ezekhez kapcsolódó cikkek generálhatók a PubMeden vagy bármely más NCBI Entrez-adatbázison. A kapcsolódó cikkek ezután relevanciasorrendben vannak listázva. Ehhez a PubMed szósúlyozott algoritmussal a források címének, ismertetőjének és a MeSH-fejléc szavait hasonlítja össze.[24] Ezt oly pontosnak ítélték, hogy egy tanulmány szerzői szerint teljes keresés helyett is használható.[25]
MeSH-hez rendelés
A PubMed automatikusan összekapcsolja a publikációkat MeSH-fogalmakkal és -alfejlécekkel. Például a „bad breath” összekapcsolódik a „halitosis”, a „heart attack” a „myocardial infarction”, a „breast cancer” a „breast neoplasms” fogalmakkal. Ha érdemes, ezek automatikusan bővülnek, vagyis specifikusabb fogalmakat tartalmaznak. Például a „nursing” automatikusan kapcsolódik a „Nursing [MeSH]” és a „Nursing [Subheading]” fogalmakhoz. Ez az automatikus fogalom-hozzárendelés, és alapértelmezés szerint be van kapcsolva a szabadszöveges keresésben, de nem a pontos egyezésesben (vagyis ha a keresési lekérdezés körül „"” található).[26] Ez a PubMed-kereséseket érzékenyebbé teszi, és elkerüli a hamis negatívokat az orvosi terminológia diverzitása mellett.[26]
Az automatikus fogalom-hozzárendelés nem működik idézőjel (például „"kidney allograft"”), csillag (például „allograft*”) vagy mezőjelölők használata esetén (például „Cancer [ti]”).[21]
My NCBI
Az ingyenes regisztrációjú My NCBI lehetővé teszi:
- keresések mentését
- eredmények szűrését
- e-mailen keresztül érkező automatikus frissítéseket
- PubMed-kereséssel szerzett hivatkozáslista mentését
- megjelenő formátum konfigurálását, keresőfogalmak kiemelését
és sok más opciót.[27] A My NCBI bármely internetes hozzáférésű számítógépről elérhető. Egy korábbi változatának a neve PubMed Cubby volt.[28]
LinkOut
A LinkOut lehetőség teljes szövegű helyi folyóiratok hivatkozására és elérhetővé tételére.[29] Mintegy 3200 hely (főleg felsőoktatási intézmények) vett benne részt 2010 márciusában az Aalborgi Egyetemtől a seattle-i ZymoGeneticsig.[30] Ezen intézmények felhasználói a PubMed keresési eredményeiben láthatják intézményük logóját, ha a folyóirat ott található, és hozzáférhetnek a teljes szöveghez. A LinkOut az Outside Toollal együtt működik a 2019. nyári e major platform update coming in the Summer of 2019.[31]
PubMed Commons
A PubMed 2016-tól lehetővé tette a szerzőknek indexelt cikkek kommentálását. Ez 2013-tól kísérleti módban volt, 2016-ban lett végleges.[32] 2018 februárjában a PubMed Commons megszűnt, mivel „kevesen használták”.[33][34]
askMEDLINE
Az askMEDLINE egy szabad szöveges természetes nyelvi eszköz a MEDLINE/PubMedhez, melyet az NLM fejlesztett, mobilra is alkalmas.[35]
PubMed-azonosító
A PMID (PubMed identifier)[36] minden PubMed-rekordhoz egyedileg 1-től kezdődően rendelt egész. Nem azonos a PMCID-vel (PubMed Central identifier), mely a szabadon hozzáférhető PubMed Central azonosítója.[37]
A PMID vagy PMCID publikációhoz rendelése nem mutat semmit a tartalom típusáról vagy minőségéről. PMID-ek rendelhetők szerkesztőhöz írt levélhez, szerkesztői véleményhez, op-ed-oszlophoz és bármi máshoz, melyet a szerkesztő a folyóiratba kíván tenni a referált tanulmányok mellett. Ezenkívül nem bizonyítják, hogy nincs visszavonva a tanulmány hamisítás, inkompetencia vagy hibás viselkedés miatt. A javításokról szóló beszámolókhoz is rendelhető PMID.
A PubMed-keresőablakba írt szám alapértelmezés szerint PMID-ként van kezelve. Így bármely hivatkozás elérhető annak felhasználásával.
A National Library of Medicine számos magáncégnek ad MEDLINE-információt, például az Embase-nek, az Ovidnak, a Dialognak, az EBSCO-nak, a Knowledge Findernek és sok más kereskedelmi, nem kereskedelmi és akadémiai szolgáltatónak.[38] 2008 októberéig több mint 500 licencet adtak ki, ebből több mint 200-at az Amerikai Egyesült Államokon kívüli szolgáltatónak. A MEDLINE-adatok licencei ingyen elérhetők, így az NLM gyakorlatilag ingyen teret ad számos alternatív felületnek és harmadik féltől származó kiegészítésnek, így ez egyike a kevés nagy, karbantartott adatbázisnak e lehetőséggel.[39]
Lu 28 telepítést és regisztrációt nem igénylő webalapú ingyenes PubMed-változatból álló mintát ellenőrzött, ezeket 4 kategóriába sorolta:[39]
- keresési eredményeket rangsoroló, például: eTBLAST, MedlineRanker,[40] MiSearch;[41]
- téma, szerző, folyóirat stb. szerint csoportosító, például: Anne O'Tate,[42] ClusterMed;[43]
- szemantikát, nézetet javító, például: EBIMed,[44] MedEvi;[45]
- jobb keresőfelület és felhasználói élmény, például: askMEDLINE,[46][47] BabelMeSH[48] és PubCrawler.[49]
Mivel ezen és más alternatívák nagy része az NLM/PUBMED licence alatt kiadott PubMed/MEDLINE-adaton alapul, a PubMed-származékok fogalmat használják egyesek.[39] A mintegy 90 GB eredeti PubMed-adathalmaz tárolásának igénye nélkül írhatók PubMed-alkalmazások az eutils-API-val Eric Sayers, PhD The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More-ját követve.[50] Több PMID bemenetet használó hivatkozásformátum-generátor használja az eutils-API-t.[51]
A PubMedben lévő adatok bányászatának alternatívái programozási környezetet használnak, például Matlabet, Pythont vagy R-t. Ekkor a PubMed-lekérdezések kódsorok, a válasz közvetlenül a környezetben van feldolgozva. A kód használható szisztematikus lekérdezésre eltérő kulcsszavakkal, például betegség, év, szervek szerint.[52][53]
A PubMeden elérhető adatok helyben tükrözhetők nem hivatalos eszközzel, például MEDOC-kal.[54]
Több millió PubMed-rekord kiegészít számos szabad hozzáférésről szóló nyílt adathalmazt, például az Unpaywallt. Az adatelemző eszközöket, például az Unpaywall Journalst a könyvtárak nagy csomagok lemondására használja – a nyílt archívumok, például a PubMed Central által nyílt hozzáférésre kínált anyagokra való előfizetések elkerülhetők.[55]
Wikiwand in your browser!
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
