イプシロンプロテオバクテリア綱

イプシロンプロテオバクテリア綱（ーこう、Epsilonproteobacteria）は、真正細菌のPseudomonadota門の綱の一つである^[15]。この綱に含まれるすべての種は、他のすべてのPseudomonadota門メンバーと同様に、グラム陰性である。

イプシロンプロテオバクテリア綱
カンピロバクター・ジェジュニ (Campylobacter jejuni)
分類
ドメイン : 細菌 Bacteria 門 : Pseudomonadota門 綱 : イプシロンプロテオバクテリア綱 Epsilonproteobacteria
学名
Epsilonproteobacteria Garrity et al. 2006[1] (IJSEMリストに掲載 2006)[2]
タイプ属
カンピロバクター属 Campylobacter Sebald and Véron 1963[3] (IJSEMリストに掲載 1980)[4] 修正　Tanner et al. 1981[5] 修正　Vandamme et al. 1991[6] (IJSEMリストに掲載 1991)[7] 修正　Vandamme et al. 2010[8] (IJSEMリストに掲載 2010)[9]
シノニム
カンピロバクター綱 "Campylobacteria" Waite et al. 2017[10] ナウティリア綱 "Nautiliia" Cavalier-Smith 2020[11]
下位分類(目)（2024年10月現在)[12]
カンピロバクター目（タイプ目） Campylobacterales Garrity et al. 2006[1] (IJSEMリストに掲載 2006)[2] ナウティリア目 Nautiliales Miroshnichenko et al. 2004[13] (IJSEMリストに掲載 2004)[14]

イプシロンプロテオバクテリア綱にはウォリネーラ属、ヘリコバクター属、カンピロバクター属などが含まれる。既知の種の多くについては、動物の消化管に生息し、共生細菌（牛の消化管に生息するウォリネーラ属など）や病原体（胃に生息するヘリコバクター属や、十二指腸に生息するカンピロバクター属など）として機能していることが知られている。メンバーの多くは鞭毛による運動性を持つ^[16]。

また、熱水噴出孔と冷水湧出帯の生息地からも、同綱の多数の環境シーケンスと分離株が回収されている。分離株の例には、Sulfurimonas autotrophica^[17]、Sulfurimonas paralvinellae^[18]、Sulfurovum lithotrophicum^[19]、およびNautiliaprofundicolaなどが含まれている^[20]。メンバーとして、アルビンガイ(Alviniconcha hessleri)の大きな鰓における内部共生生物なども知られている^[21]。

深海の熱水噴出孔で見つかったメンバーは特徴的に化学合成栄養性を示し、硝酸塩または酸素の還元と、硫黄やギ酸、水素の酸化によってエネルギーを獲得している^[22]。独立栄養性メンバーは、逆クレブス回路を使用して二酸化炭素を有機物として固定する。これは、もともと環境的に重要でないと考えられていた経路である。この経路の酸素感度は、その微好気性または嫌気性なニッチと整合的である。そしてこのような環境は、シアノバクテリアの光合成から入手できる酸素レベルが低く硫化物で満たされていた中原生代の海洋環境とも整合的であり、進化学的な観点からも研究が進められている^[23][24]。

下位分類（目）

本綱は以下の目を含む（2024年10月現在)^[12]。

• Campylobacterales　カンピロバクター目（タイプ目）

Garrity et al. 2006^[1] (IJSEMリストに掲載 2006)^[2]

• Campylobacteraceae　カンピロバクター科

Vandamme and De Ley 1991^[25] (IJSEMリストに掲載 1991)^[26]、修正　Waite et al. 2017^[10]

Campylobacter（カンピロバクター属）とSulfurospirillum（スルフロスピリルム属）のみを含む。

• Arcobacteraceae　アルコバクター科

Waite et al. 2020^[10] (IJSEMリストに掲載 2020)^[27]

Arcobacter（アルコバクター属）のみを含む。

• Helicobacteraceae　ヘリコバクター科

Garrity et al. 2006^[28] (IJSEMリストに掲載 1991)^[2]、修正　Waite et al. 2017^[10]

Helicobacter（ヘリコバクター属）、Thiovulum（チオブルム属）、Wolinella（ウォリネーラ属）などを含む。

• Hydrogenimonadaceae　ヒドロゲニモナス科

Waite et al. 2020^[29] (IJSEMリストに掲載 2020)^[27]

Hydrogenimonas（ヒドロゲニモナス属）のみを含む。

• "Candidatus Thiobarbaceae"

Assié et al. 2020^[30] (IJSEMリストに掲載 2022)^[31]

"Candidatus Thiobarba"のみを含む。

• Nautiliales　ナウティリア目

Miroshnichenko et al. 2004^[13] (IJSEMリストに掲載 2004)^[14]

タイプ属はNautilia（ナウティリア属）である。

• Nautiliaceae　ナウティリア科

Miroshnichenko et al. 2004^[13] (IJSEMリストに掲載 2004)^[14]

Nautilia、Caminibacter（カミニバクター属）、Lebetimonas（レベティモナス属）、Nitratifractor（ニトラティフラクター属）、Thioreductor（チオリダクター属）などを含む。

系統

現在受け入れられている分類体系は、Standing in Nomenclature（LPSN）^[12]及びNational Center for Biotechnology Information （NCBI）^[15]の原核生物名のリストに基づいている。下記の系統樹は16S rRNA遺伝子配列ベースのLTP（リリース106）に基づいている。

Nautiliaceae   Thioreductor micantisoli Nakagawa et al.2005       Caminibacter Alain et al.2002       Lebetimonas acidiphila Takai et al.2005     Nautilia Miroshnichenko et al.2002             Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al.2     Campylobacterales   Hydrogenimonas thermophila Takai et al.2004       ?Sulfuricurvum kujiense Kodama and Watanabe 2004     ?Thiovulum majus ♪ Hinze 1913         Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al.2005     Sulfurovum lithotrophicum Inagaki et al.2004       Sulfurimonas Inagaki et al.2003 emend. Takai et al.2006         Helicobacteraceae   Wolinella Tanner et al.1981     Helicobacter Goodwin et al.1989 emend. Vandamme et al.1991       Campylobacteraceae   ?Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005     Arcobacter Vandamme et al.1991 emend. Vandamme et al.1992       Sulfurospirillum Schumacher et al.1993 emend. Luijten et al.2003     Campylobacter Sebald and Véron 1963 emend. Vandamme et al.2010

ノート：

• 純粋な（無菌）培養物が得られていないかまたは利用できない原核生物、すなわち、培養されていないか、または数回の連続継代を超えて培養で維持することができない原核生物を示している。