かつて、現在のJR東日本とJR東海の駅は同じ国鉄の駅であったが、1987年の国鉄分割民営化を機に、東海道新幹線はJR東海、それ以外はJR東日本の管轄へと分離された。ここでは会社別に解説する。

JR東日本

概要 JR東日本東京駅, 所在地 ...

JR東日本東京駅
東北・上越・北陸新幹線ホーム（2021年9月）
とうきょう Tōkyō TYO
所在地	東京都千代田区丸の内一丁目9-1 北緯35度40分52秒東経139度46分0秒^{[* 1]}
所属事業者	東日本旅客鉄道（JR東日本）
電報略号	トウ
駅構造	高架駅（新幹線・在来線）地下駅（在来線）
ホーム	2面4線（新幹線） 5面10線（在来線・高架） 2面4線（在来線・総武地下） 2面4線（在来線・京葉地下）
乗車人員 -統計年度-	（新幹線）-2023年- 65,056人/日（降車客含まず）（合計）-2023年- 403,831人/日（降車客含まず）
開業年月日	1914年（大正3年）12月20日
乗入路線 16 路線
所属路線	■東北新幹線（■山形新幹線・■秋田新幹線・北海道新幹線・上越新幹線・北陸新幹線直通含む）
キロ程	0.0 km（東京起点）
(3.6 km) 上野►
所属路線	■東海道線^{[* 2]} （上野東京ライン^{[* 3]}）
駅番号	JT01^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）
(1.9 km) 新橋 JT 02►
所属路線	■宇都宮線^{[* 2]} （上野東京ライン^{[* 3]}）（高崎線・■常磐線直通含む）
駅番号	JU01^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）
(3.6 km) 上野 JU 02・JJ 01►
所属路線	■京浜東北線^{[* 2]}
駅番号	JK26^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）大宮から30.3 km
◄JK 27 神田 (1.3 km) (0.8 km) 有楽町 JK 25►
所属路線	■山手線^{[* 2]}
駅番号	JY01^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）
◄JY 02 神田 (1.3 km) (0.8 km) 有楽町 JY 30►
所属路線	■中央線^{[* 2]}
駅番号	JC01^{[報道 3]}
キロ程	神田から1.3 km
(1.3 km) 神田 JC 02►
所属路線	■横須賀線・総武線（快速）^{[* 2]}^{[* 4]}
駅番号	JO19^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）
◄JO 18 新橋 (1.9 km) (1.2 km) 新日本橋 JO 20►
所属路線	■京葉線（■武蔵野線直通含む）
駅番号	JE01^{[報道 3]}
キロ程	0.0 km（東京起点）
(1.2 km) 八丁堀 JE 02►
備考	直営駅（管理駅）みどりの窓口有お客さまサポートコールシステム導入駅^{[* 5]}^[14] 東京山手線内・東京都区内駅（中心駅）
[* 1] 総武地下ホームの位置は「北緯35度40分54秒東経139度45分56秒」京葉地下ホームの位置は「北緯35度40分39秒東経139度45分55秒」 [* 2] 線路名称上は、有楽町・新橋方面は東海道本線、神田・秋葉原方面は東北本線、新日本橋・馬喰町方面は総武本線 [* 3] 東海道線と宇都宮線・高崎線・常磐線は直通運転実施（上野東京ライン） [* 4] 横須賀線と総武線（快速）は直通運転実施 [* 5] 丸の内地下南口と京葉地下八重洲口に導入^[14]。
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JR東日本の駅は各路線の線路とホームはほぼ南北方向に伸びているが、成田新幹線計画の名残である地下の京葉線ホームのみ他線と遠く離れ^[15] ほぼ東西方向に伸びている（後述）。出入口は東西南北に設けられており、西側を丸の内口、東側を八重洲口、北東側を日本橋口、南側を京葉地下出口と称している。

東西の駅舎を連絡する改札内通路は北・中央・南の3本があり、それぞれの通路に対応して丸の内側・八重洲側それぞれの地上に3か所の改札口がある。丸の内中央口は元は皇室専用だったため北口・南口に比べ小さい（現在は別に皇室用の出入口と貴賓室がある）^[16]。丸の内側の地下3か所と八重洲中央口の地下にも改札口があり、丸の内側は東京メトロ丸ノ内線や丸ビル・新丸ビル方面へ、八重洲側は八重洲地下街方面へ通じる。

また、丸の内側と八重洲側を改札外でつなぐ北側自由通路（1階・地下1階）があり、南側自由通路（地下1階）は2029年に開通予定である^{[報道 4]}。日本橋口は唯一改札の外から新幹線乗り場に直接入ることができる。

在来線の構内は非常に広い。1階は改札内（駅ナカ）商業施設が充実している。長年、地下1階はコインロッカーが多く商業施設が少なかったが、2007年 10月25日にJR東日本の商業施設「グランスタ」がオープンした^{[報道 5]}（2020年8月3日に「グランスタ東京」としてリニューアル開業^[17]^{[報道 6]}^{[報道 7]}^{[報道 8]}）。駅コンコースにはJR東日本の管轄エリアも多く、それらの店舗やレストランなどでは電子マネーとして、Suicaおよびこれと相互利用可能な交通系ICカードが利用できる。対して、新幹線の構内はあまり広くなく、商業施設はホーム上にほぼ限られている。

「グランスタ」開業に合わせて、八重洲地下中央口の改札内にある待ち合わせ場所として有名な「銀の鈴」のリニューアル^{[※ 15]}が行われ、1階と地下1階を結ぶエスカレーターが新設された。

駅長（兼常務執行役員）・助役配置の直営駅で、京葉線の八丁堀駅と越中島駅を管理する。新幹線乗換口（中央・南とも。乗換窓口・精算所業務を含む）、丸の内地下北口、京葉地下丸の内口、日本橋口の業務はJR東日本ステーションサービスに委託している。なお、丸の内地下南口と京葉地下八重洲口はお客さまサポートコールシステム導入により、終日無人となっている^[14]。

日本橋口改札（2021年11月）
新幹線北乗換改札（2021年9月）
新幹線南乗換改札（2021年10月）
丸の内北口改札（2021年9月）
丸の内中央口改札（2021年9月）
丸の内南口改札（2021年9月）
八重洲北口改札（2021年11月）
八重洲中央口改札（2021年9月）
八重洲南口改札（2021年9月）
丸の内地下北口改札（2021年11月）
丸の内地下中央口改札（2021年10月）
丸の内地下南口改札（2021年10月）
グランスタ地下北口改札（2021年11月）
八重洲地下中央口改札（2021年11月）
京葉地下丸の内改札（2021年10月）
京葉地下八重洲口改札（2021年10月）
北側自由通路（2021年9月）
石碑（2007年5月）

ホーム

在来線高架ホーム（1 - 10番線）: 島式5面10線の高架ホームで、丸の内側から1・2・3…と順に振られている。中央線の1・2番線は3・4番線のさらに上、3階相当の高さにあり、2番線の直下に3番線がある。1・2番線はホームの両端は階段、それ以外は長いエスカレーターとホーム中央にあるエレベーターでコンコースと結んでいるが9・10番線のエレベーターのみ地下1階まで結んでいる。9・10番線は南側のエレベーターが2つ設置されている。3 - 6番線（山手線・京浜東北線）にはホームドアが設置されている。; 5・6番線有楽町方の駅事務室前には、開業当時からの面影を残すハルトゥング支柱（de:Hartungsche Säule）様の鋳鉄製の柱が2本、設置されている。柱は高さ2.6メートル、柱周470ミリメートル、下部には「明治四十一年一月株式会社東京堅鉄製作所」と刻印されている。また、一部の屋根と柱は木造である。2014年度に改修工事が行われ、老朽化が進んでいた開業時からの柱14本を含む約103メートル分が新しい屋根に置き換えられた^{[新聞 3]}。; 9・10番線ホーム屋根には屋根材一体型のソーラーパネルが設置され、発電した電気を東京駅の照明や空調機の電力として活用している。また、発電状況を駅構内4か所の発電量表示モニターで確認できる^{[報道 9]}。

1・2番線ホーム（2021年7月）
3・4番線ホーム（2021年9月）
5・6番線ホーム（2021年7月）
7・8番線ホーム（2021年7月）
9・10番線ホーム（2021年7月）
中央本線0キロポスト（2005年2月）
東海道本線・東北本線0キロポスト（2009年3月）

新幹線ホーム（20 - 23番線）: 島式2面4線の高架ホームである。このうち20番線は10番線のすぐ東にある。当初、東北・上越新幹線が当駅に延伸した際は現22・23番線（当時12・13番線）の島式1面2線のみで発着し、一部の定期列車と臨時列車は上野駅発着を原則としていた。しかし、1997年 10月1日の北陸新幹線高崎駅 - 長野駅開業に伴い1・2番線を高架化した上で3 - 10番線を丸の内側にスライドする工事を行い、当時9・10番線（東海道線）だったホームを20・21番線とし、現在の2面4線の構造になるとともに定期列車の全列車と臨時列車の大半が当駅発着になった。1日300本を超える列車をこの2面4線ホームで扱っている。各ホームに中央改札と各ホームを結ぶエレベーターが8号車付近に設置されている。直接改札内に入れる改札口は八重洲北側の日本橋口改札口のみ。

20・21番線ホーム（2021年9月）
22・23番線ホーム（2021年9月）

総武地下ホーム（総武地下1 - 4番線）: 島式2面4線の地下ホームで、地下5階に位置する。中央通路を丸の内側へずっと向かった階段の先にのりばがあり、東京メトロ丸ノ内線との乗り換えは比較的近いが、京葉線との改札内乗り換えは遠い。このホームと下記の京葉地下ホームは地上・高架ホームとは番線番号が通しではない。ホームへはエレベーターまたは長いエスカレーターを使用することになる。ホームがある東京トンネルの区間の保安設備は2004年2月にATC-5型からATS-Pに更新されている。ATS-P対応車両であればこの地下ホームへの発着が可能である。このホームは構造上、地下水上昇問題がある。

1・2番線ホーム（2021年7月）
3・4番線ホーム（2021年7月）
総武地下通路（2021年11月）

京葉地下ホーム（京葉地下1 - 4番線）: 島式2面4線の地下ホームで、地下4階に位置する。新幹線八重洲南乗り換え口脇から南に約500 mの所、鍛冶橋通りの地下（有楽町駅との中間点）にあり、ホームは東西に伸びる。地下3階には総武地下通路のように通路があり、皇居よりの都道402号地下では横須賀線シールドトンネルが駅躯体を横断する。エレベーターは1・2番線と3・4番線にそれぞれ1台設置されている。他のホームから離れていることから八重洲口側に動く歩道が3つ設置され、その両端にエスカレーターとエレベーターが設置されている。; この位置にはもともと、成田新幹線用の駅が計画されていた。他の乗り場から南に大きく離れたこの位置が選ばれたのは、将来的に新宿方面への延長をにらんだものであった。しかし成田新幹線は、沿線住民の反対運動によって計画が頓挫し、東京駅構内では東北新幹線の高架橋を造る工事に合わせて、現在京葉線への乗り換え通路として使われている通路が建設されただけで、乗り場部分の実際の掘削工事は行われなかった。現行のプラットホームなどがある地下部分は、京葉線に転用されることが決まってから新たに工事されたものであり^[18]、設計も在来線用に1から異なった設計がされており建設予定位置以外の共通点は存在しない。; 当駅を挟む京葉線八丁堀駅以東 - 東海道本線新橋駅以南の乗車券またはICカードを所持していれば、当駅と有楽町駅の有人改札を経由しての乗り換えが可能である。

1・2番線ホーム（2021年10月）
3・4番線ホーム（2021年10月）
車止め側の長時間露光（2013年）
京葉地下通路（2021年10月）

のりば

以上のように、高架・地上・地下の全ホームで計11面22線のホームがあり、JR東日本の駅では最多のホーム数である。

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番線	路線	方向	行先	備考
在来線地上ホーム
1・2	中央線	下り	御茶ノ水・新宿・立川方面 □特急「あずさ」・「かいじ」・「はちおうじ」・「おうめ」
3	京浜東北線	北行	上野・大宮方面
4	山手線	内回り	上野・池袋方面
5	山手線	外回り	品川・渋谷方面
6	京浜東北線	南行	蒲田・関内方面
7・8	常磐線	下り（北行）	上野・大宮・宇都宮・高崎・水戸方面 □常磐線特急「ひたち」・「ときわ」	朝・深夜帯は交互発着それ以外の時間は主に7番線^{[※ 7]}
	宇都宮線
	高崎線
	上野東京ライン
9・10	東海道線	下り（南行）	品川・横浜・小田原・熱海・伊東方面 □特急「（サフィール）踊り子」「湘南」 □寝台特急「サンライズ出雲・サンライズ瀬戸」	当駅始発の一部列車は8番線から発車
JR東日本新幹線ホーム
20 - 23	東北・北海道新幹線	下り	宇都宮・郡山・福島・仙台・盛岡・新青森・新函館北斗方面^[19]
	秋田新幹線		角館・大曲・秋田方面^[19]
	山形新幹線		福島・山形・新庄方面^[19]
	上越新幹線		高崎・越後湯沢・新潟方面^[19]
	北陸新幹線		軽井沢・長野・金沢・敦賀方面^[19]
総武地下ホーム
1・2	横須賀線	下り	横浜・鎌倉方面^[19] □特急「しおさい」「成田エクスプレス」	特急「しおさい」は2番線から発車
3・4	総武線（快速）	下り	市川・千葉方面^[19] □特急「成田エクスプレス」	当駅始発の一部列車は2番線から発車
京葉地下ホーム
1 - 4	京葉線	下り	舞浜・海浜幕張・蘇我方面 □特急「さざなみ」「わかしお」
1 - 4	武蔵野線	下り	舞浜・西船橋方面

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（出典：JR東日本:駅構内図）

特急「踊り子」「サフィール踊り子」「湘南」、寝台特急「サンライズ出雲」「サンライズ瀬戸」などは基本的に9番線から発車する。
京葉線のホームは概ね列車によって番線が使い分けられており、1番線は特急列車、2番線は武蔵野線電車、3・4番線は京葉線電車が使用することが多いが、全てがこの通りに発着するわけではない。
東海道線・上野東京ラインホームは、基本的に宇都宮・高崎線系統が7番線（上野方面）・10番線（品川方面）、常磐線系統及び当駅始発列車群が8番線（上野方面、当駅始発品川方面の一部）・9番線（品川方面）に発着する列車が多いが、ダイヤの関係で違うホームを使用する列車もある。
東海道線・上野東京ラインホーム、総武地下ホームはそれぞれ元々終端駅だった関係から、両線ともに両方向からそれぞれの4本全てのホームへ入線および出発が可能。総武地下ホームでは、総武快速線の横須賀線へ直通しない列車のうち、上り線から一番遠い下り4番線に入線して折り返す定期列車などもある。
当駅で夜間外泊が組まれているのは、中央線・京葉線・総武快速線・横須賀線の4路線。

配線図

**JR東日本東京駅総武地下ホーム鉄道配線略図**
← 錦糸町・千葉・成田空港・蘇我方面		→ 横浜・大船・久里浜方面
凡例出典: * 以下を参考に作成。 ** 祖田圭介、「特集旅客ターミナル構内配線図鑑」、電気車研究会、『鉄道ピクトリアル』、第60巻1号（通巻第828号） 2010年1月号「【特集】旅客ターミナル」、20頁、「図1-1 東京駅の配線」。

JR東海

概要 JR東海東京駅, 所在地 ...

JR東海東京駅
東海道新幹線ホーム（2021年9月）
とうきょう Tōkyō
(6.8 km) 品川►
所在地	東京都千代田区丸の内一丁目9-1 北緯35度40分52秒東経139度46分0秒
所属事業者	東海旅客鉄道（JR東海）
所属路線	■東海道新幹線
キロ程	0.0 km（東京起点）
電報略号	トウ
駅構造	高架駅
ホーム	3面6線
乗車人員 -統計年度-	33,805人/日（降車客含まず） -2020年-
開業年月日	1964年（昭和39年）10月1日
備考	直営駅（管理駅） JR全線きっぷうりば有東京山手線内・東京都区内駅（中心駅）
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JR東海東海道新幹線はJR東日本の新幹線の隣の東側（八重洲寄り）にあり、その部分は自社管理区域となっていて標識のフォーマット、各種宣伝や広告などもJR東海のものである。

専用改札口は八重洲改札と、JR東日本の新幹線と並んで設置されている日本橋改札他全部で5か所がある。丸の内側からはJR東日本の在来線改札内経由（中間改札）で改札内に入れる。八重洲口を含めた出口・駅舎はJR東日本の所有のものを共同使用する形となっている。また一部の改札口には自動改札機が設置されていない。東海道新幹線とJR東日本の新幹線とを直接繋ぐ乗換口もあるが、JR他社同士で直通列車がなく、システムが統一されていないためICカード（EX-IC、Suicaなど）は利用できない（在来線乗換口を2度経由すれば利用可能）。

新幹線南乗換口の出改札業務、中央乗換口の出札業務は新幹線メンテナンス東海に委託している。

商業施設はホーム上にほぼ限られているが、2006年 2月22日のJR東海社長の定例会見で「新幹線改札口を5か所から6か所に増やす」「内装や外装を全面的にリニューアルする」などの旨を明らかにしている。2012年1月に工事は完了し、2月25日より「八重洲南口改札」として開設した。また、同時に「八重洲中央口改札」の名称が「八重洲中央北口改札」に変更された^{[報道 10]}。

ホームの中央にエレベーターが1台設置されている。

構内北端が東京メトロ東西線と地下でつながっている。

八重洲中央北口改札（2021年9月）
八重洲中央南口改札（2021年9月）
八重洲北口改札（2022年9月）
八重洲南口改札（2021年9月）
日本橋口改札（2021年9月）
新幹線中央乗換改札（2021年9月）
新幹線南乗換改札（2021年10月）
JR東海・東日本間の新幹線乗換改札（2021年9月）

島式3面6線の高架ホームである。このうち14番線は23番線のすぐ東にある。14・15番線は神田寄りが丸の内側へ湾曲しているが、これは後述するホームの変遷表でもわかるように、14・15番線は、かつて東海道本線のホームとして使用されていたためであり、在来線ホーム時代は、一部特急など、東北本線方面への旅客列車も乗り入れていた。前述したが、コンコースでは改良工事が行われている。

東海道新幹線開業にあたり、14・15番線は東海道新幹線ホームに転用されることとなったが、旧来の構造を活かし、将来的には東北新幹線との共用使用や、東北新幹線との直通運転も想定されていたとされる^{[新聞 4]}。

0キロポストの他、記念モニュメントも複数ある。18・19番線の8号車乗車位置付近のホーム中央床面には起点と方位を示すレリーフが、同ホーム南端には十河信二のレリーフと座右の銘「一花開天下春」があしらわれた建設碑が、同ホームの下、中央乗換口（新幹線改札内）の東端壁面には「東海道新幹線この鉄道は日本国民の叡智と努力によって完成された」と記された銘版がある。

のりば

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番線	路線	行先
14 - 19	東海道新幹線	新大阪・博多方面^[20]

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14・15番線ホーム（2021年9月）
16・17番線ホーム（2021年9月）
18・19番線ホーム（2021年9月）
東海道新幹線ホーム上の0キロポスト
東海道新幹線線路上の0キロポスト
18・19番線ホーム南端にある十河信二の記念碑

東京メトロ

概要東京メトロ東京駅, 所在地 ...

東京メトロ東京駅
中央改札口（2021年10月）
とうきょう Tokyo
◄M 16 銀座 (1.1 km) (0.6 km) 大手町 M 18►
所在地	東京都千代田区丸の内一丁目6-5 北緯35度40分54秒東経139度45分53.4秒
駅番号	M17^[21]
所属事業者	東京地下鉄（東京メトロ）
所属路線	●^[21]丸ノ内線
キロ程	8.7 km（池袋起点）
電報略号	トウ
駅構造	地下駅
ホーム	1面2線
乗降人員 -統計年度-	^{[メトロ 1]}186,253人/日 -2023年-
開業年月日	1956年（昭和31年）7月20日
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丸の内側に位置する島式ホーム1面2線を有する地下駅である。比較的地下浅い所にある。八重洲側へは、JRの北側自由通路を通るのが既存の最短ルートであるが、八重洲南口方面へは同ルートはやや迂回する形の経路となる。1990年12月半ばに本格的な自動改札機を導入した。1993年11月には、御茶ノ水駅から定期券売り場が移転したが、2021年 2月11日をもって閉鎖された^[22]。

2008年春に、ホームの側壁に女子美術大学の非常勤講師2名によるデザインのアートウォール「自由に走る丸ノ内線」が設置された。コンセプトは「歴史と自然とトレンドの融合」で、営団500形電車で使われていた銀色のサインウェーブを下部に再現するとともに自由に飛ぶ鳥を随所に設置した。

当駅は「東京地域」として駅を管理しているが、駅務管区所在駅は当駅ではなく後楽園駅である^[23]。

のりば

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番線	路線	行先^[24]
1	丸ノ内線	荻窪・方南町方面
2	丸ノ内線	池袋方面

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（出典：東京メトロ:構内立体図）

ホーム（2022年7月）

発車メロディ

ワンマン運転開始に伴い、スイッチ制作の発車メロディ（発車サイン音）が導入されている。

曲は1番線が『らくらく乗降』（串田亨作曲）、2番線が『夢心地』（福嶋尚哉作曲）である^[25]。

国鉄・JR線地上ホームの変遷

以下の表は当駅地上ホームの変遷を記したものである。なお、下表に示す以外に工事等によりホームが一時的に撤去されている場合もある。

さらに見る 時期, 第01ホーム ...

時期	第01ホーム	第1ホーム	回送線	第2ホーム	第3ホーム	第4ホーム	第5ホーム	回送線	第6ホーム	第7ホーム	回送線	第8ホーム	第9ホーム
1914年 12月20日 -	未設置	1・2番線 ■電車線（山手線）	■回送線	3・4番線 ■電車線（京浜線）	5・6番線 ■列車線	7・8番線 ■列車線	未設置	未設置	未設置	未設置	未設置	未設置	未設置
1919年 3月1日 -		1・2番線 ■中央本線 ■山手線		3・4番線 ■電車線（京浜線）	5・6番線 ■列車線	7・8番線 ■列車線
1925年 4月26日 -		1・2番線 ■中央本線		3・4番線 ■京浜線 ■山手線	5・6番線 ■東海道本線到着 ■横須賀線発着	7・8番線 ■東海道本線出発
1942年 9月25日 -						7・8番線 ■東海道本線	9・10番線 ■東海道本線	11・12番線 ■回送線
1953年 7月1日 -						7・8番線 ■東海道本線	9番線 ■東海道本線 10番線使用停止	11・12番線使用停止		14・15番線 ■東海道本線	16番線 ■回送線
1953年 9月1日 -					5・6番線 ■東海道本線	7・8番線使用停止	9番線使用停止 10番線 ■東海道本線	11番線 ■回送線	12番線 ■東海道本線（湘南電車） 13番線 ■横須賀線
1953年 11月1日 -					5・6番線使用停止		9・10番線 ■東海道本線
1954年 3月30日 -				3番線 ■京浜東北線北行 ■山手線内回り 4番線使用停止	5番線使用停止 6番線 ■京浜東北線南行 ■山手線外回り
1954年 4月15日 -					5番線使用停止 6番線 ■京浜東北線南行 ■山手線外回り	7番線 ■常磐線 8番線使用停止
1956年 5月4日 -					5番線 ■京浜東北線南行 ■山手線外回り 6番線使用停止	7番線 ■常磐線 8番線使用停止
1956年 11月19日 -				3番線 ■京浜東北線北行 4番線 ■山手線内回り	5番線 ■山手線外回り 6番線 ■京浜東北線南行	7番線 ■東海道本線 ■東北・高崎・常磐線 8番線 ■東海道本線
1957年 7月14日 -			廃止			7番線 ■東海道本線 ■東北・高崎・常磐線 8番線 ■東海道本線
1961年 10月1日 -						7番線 ■東海道本線 ■東北・高崎・常磐線 8番線 ■東海道本線（湘南電車）			12番線 ■東海道本線 13番線 ■横須賀線
1964年 10月1日 -												17番線 ■東海道新幹線	18・19番線 ■東海道新幹線
1965年 10月?日 -											廃止	17番線 ■東海道新幹線
1967年 3月10日 -												16・17番線 ■東海道新幹線
1972年 3月15日 -												16・17番線 ■東海道・山陽新幹線	18・19番線 ■東海道・山陽新幹線
1973年 4月1日 -						7・8番線 ■東海道本線（湘南電車）	9・10番線 ■横須賀線		12・13番線 ■東海道本線	廃止
1975年 7月18日 -										15番線 ■東海道・山陽新幹線
1979年 12月1日 -										14・15番線 ■東海道・山陽新幹線
1980年 10月1日 -						7・8番線 ■東海道本線	9・10番線 ■東海道本線		12番線■東海道本線 13番線廃止
1988年 3月13日 -								廃止	廃止
1991年 6月20日 -									12・13番線 ■東北・上越新幹線
1992年 7月1日 -									12・13番線 ■東北・山形・上越新幹線
1992年 10月4日 -						7番線 ■東海道本線 8番線使用停止
1993年 7月4日 -						7番線 ■東海道本線 8番線（仮設） ■東海道本線	9番線使用停止 10番線 ■東海道本線
1994年 4月10日 -							9番線（仮設） ■東海道本線 10番線廃止
1995年 7月2日 -	1・2番線 ■中央本線	旧1・2番線使用停止
1995年 10月29日 -		3番線 ■京浜東北線北行旧2番線使用停止		旧3番線使用停止 4番線 ■山手線内回り
1995年 11月5日 -		3番線 ■京浜東北線北行 4番線 ■山手線内回り		旧3・4番線使用停止
1995年 12月17日 -				5番線 ■山手線外回り旧4番線使用停止	旧5番線使用停止 6番線 ■京浜東北線南行
1995年 12月24日 -				5番線 ■山手線外回り 6番線 ■京浜東北線南行	旧5・6番線使用停止
1996年 6月23日 -					7・8番線 ■東海道本線	9番線 ■東海道本線 10番線（仮設）使用停止	廃止
1997年 3月1日 -						9番線使用停止 10番線 ■東海道本線
1997年 9月7日 -						9・10番線 ■東海道本線
1997年 10月1日 -							20・21番線 ■上越・長野新幹線		22・23番線 ■東北・山形・秋田新幹線
2005年 12月10日 -							20・21番線 ■東北・山形・秋田・上越・長野新幹線		22・23番線 ■東北・山形・秋田・上越・長野新幹線
2015年 3月14日 -					7・8番線 ■上野東京ライン（■宇都宮・■高崎・■■常磐線） ■東海道本線（一部列車）		20・21番線 ■東北・山形・秋田・上越・北陸(長野経由)新幹線		22・23番線 ■東北・山形・秋田・上越・北陸(長野経由)新幹線
2016年 3月26日 -					7・8番線 ■上野東京ライン（■宇都宮・■高崎・■■常磐線） ■東海道本線（一部列車）		20・21番線 ■東北・山形・秋田・北海道上越・北陸新幹線		22・23番線 ■東北・山形・秋田・北海道上越・北陸新幹線

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なお、現在のJRのホーム数合計は14面28線となり、単一の駅としてのホーム数では日本一である。

その他

この節に雑多な内容が羅列されています。

かつては、中央線2番線（現：山手線内回り4番線）と京浜東北線北行3番線（現：山手線外回り5番線）の間には線路が1本あったが、中央線ホームの拡張により、この線路が2番線（現：4番線）となり、旧2番線は撤去された。この線路は同じく線路のみ存在していた東海道本線の11・16番線とは異なり、番線に数えられていなかった。
1997年10月の北陸新幹線高崎 - 長野開業に伴い、ホームの移転が行われた。まず1995年7月に中央線ホームを高架ホームに移転し、その後10月 - 12月に山手線・京浜東北線ホームを、1996年6月 - 1997年7月に東海道線ホームをそれぞれ1面ずつ丸の内側に移設した。なお、東海道線ホームの移設の際は、1線を撤去して2面3線化したほか、一時期に9番線が仮設ホームだったことがある。
- 現在の中央線ホームは、丸の内口駅舎と旧中央線ホーム（現在の京浜東北線北行3番線および山手線内回り4番線）の間のやや狭い敷地内に設置されており、やや3・4番線ホームにせり出している。結果的には丸の内駅舎を取り壊さずに保存できる形となった。
当駅にはJR東日本とJR東海の窓口のほか、丸の内地下中央改札前にJR北海道が運営する「JR北海道プラザ東京支店」が存在していた。一般の乗車券や特急券のほか、各社のトクトクきっぷを購入することができた。株主優待などJR各社の窓口のみで扱う切符類が発券できない（「沿線の旅行会社」扱いとなる）反面、JR北海道のみで購入可能な切符類を一部を除いて取り扱っていた。また、北海道への観光PRコーナーとしても機能していた。かつては同店においてJR北海道のオレンジカードも販売されていた。後述の丸の内地下エリア再開発の影響により移転が検討されたが、収支改善の目処が立たないことなどを理由に2015年4月に閉店した^{[報道 11]}。
山陽新幹線が博多駅まで延伸してホームを増設するまでは、7・8番線が東北本線・高崎線・常磐線用ホーム、9・10番線が近距離列車用ホーム、11番線が回送線、12・13番線が東海道本線・横須賀線用ホーム、14・15番線が遠距離列車用ホーム、16番線が回送線（後に東海道新幹線に転用）であった。新幹線の開業までは4線ともひっきりなしに列車が発着しており、13番線から15番線を見通すことができなかった。これが重要なトリックとして出てくるのが松本清張の「点と線」である。1960年後半 - 1973年3月31日までは東北本線・高崎線・常磐線の列車は7 - 15番線のうち、どのホームからも発車していた。
上記の通り、在来線は15番線まで存在していたが、1973年4月に第7ホーム（14・15番線）を、1980年に13番線を、1988年3月に回送線だった11番線と第6ホームの12番線を、1995年に第5ホーム（9・10番線）をそれぞれ使用停止し、後に新幹線のホーム増設や新設を行った。
戦前、鉄道省では品川 - 東京間に複線を増設し、京浜線（後の京浜東北線）の急行（快速に相当）と横須賀線を走らせる「京浜急行線計画」が存在していた。その計画では、1・2番線が中央線、3番線が京浜緩行線北行・山手線内回り、4番線が京浜急行線終着、5・6番線が横須賀線、7番線が京浜急行線始発、8番線が京浜緩行線南行・山手線外回り、9 - 12番線が東北本線、13 - 15番線が東海道本線となる予定だった。この計画は対米戦により未成に終わったが、その一部は、京浜東北線と山手線の分離運転（「東京縦貫複々線工事」という）に活用された。
北陸新幹線の開業に伴って、北陸新幹線用（W7系白山総合車両所所属）と東海道・山陽新幹線用（700系・N700系博多総合車両所所属）の2つのJR西日本の新幹線車両が乗り入れることになった。
2022年10月15・16日に勝田 - 大船間で運転された臨時特急「海浜公園コキア大船号」は開業以降初めて特急列車が停車しなかった。なお東京駅を通過扱いする列車では毎年正月に横須賀または小田原から成田への初詣列車が存在する。過去にはお盆期間や年末年始に静岡、名古屋発青森行の急行「あおもり」や品川発東北方面への臨時急行が存在した。

地下水上昇問題

当駅は元々海に近いこともあり地下水位が相対的に高く、地下水上昇によるホームの浮上問題にさらされている。特に地下総武線ホームは、丸の内側ロータリー直下にあり、上に建物などの構造物がない（地下水浮力による地下駅部分の浮き上がりを押さえ付けるおもりがない）という構造上の条件から、特に浮上の影響が顕著である。かつての相次ぐ地盤沈下により地下水の汲み上げが条例により禁止されており、このことも地下水位上昇の理由となっている。地下総武ホームではホームが地下5階なのに対し、地下水は地下3階付近まで達している。1999年9月には、浮上防止策として、ホーム階に鉄製おもりを置いたり、アンカーを打ち込む工事が行われた。その後2002年7月より、当駅から品川区の立会川まで全長12 kmに及ぶ導水管が敷設されている。湧出地下水をそのまま下水に流すと下水道料金が課金されるため、支払料金を軽減したいJR東日本と、典型的都市型中小河川で通常は水量が少なく悪臭などを発生する立会川の問題を解決したい東京都の思惑が一致した^{[新聞 5]}。東京駅から立会川上流部までの導水管建設費用をJRが負担する代わりに、湧出地下水を立会川に放水することで下水道料金負担がなくなり、結果として水量の増加と悪臭の発生防止が図れるという仕組みであり^{[※ 16]}^[26]、副次的効果として2003年、海で孵化したボラの稚魚の大群が立会川に現れている^[27]。