APAF1

APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）はアポトーシスに関与するタンパク質で、線虫Caenorhabditis elegansのCED-4のヒトホモログである^[5][6][7]。

APAF1
PDBに登録されている構造 PDB オルソログ検索: RCSB PDBe PDBj PDBのIDコード一覧 1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
識別子
記号	APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
外部ID	OMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: APAF1
遺伝子の位置 (ヒト) 染色体 12番染色体 (ヒト)[1] バンド データ無し 開始点 98,645,290 bp[1] 終点 98,735,433 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス) 染色体 10番染色体 (マウス)[2] バンド データ無し 開始点 90,989,311 bp[2] 終点 91,082,770 bp[2]
RNA発現パターン さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 • 熱ショックタンパク質結合 • ADP binding • 血漿タンパク結合 • identical protein binding • ATP binding • ヌクレオチド結合 • cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process 細胞の構成要素 • 細胞質 • 細胞質基質 • エキソソーム • 細胞核 • アポトソーム • 細胞外領域 • secretory granule lumen • ficolin-1-rich granule lumen • 高分子複合体 生物学的プロセス • cellular response to transforming growth factor beta stimulus • neuron apoptotic process • regulation of apoptotic process • 細胞分化 • 低酸素症への反応 • response to nutrient • response to G1 DNA damage checkpoint signaling • 老化 • positive regulation of apoptotic signaling pathway • glial cell apoptotic process • 神経系発生 • 多細胞個体の発生 • cardiac muscle cell apoptotic process • intrinsic apoptotic signaling pathway • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress • neural tube closure • 脳発生 • positive regulation of apoptotic process • apoptotic signaling pathway • 前脳発生 • regulation of apoptotic DNA fragmentation • protein homooligomerization • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c • アポトーシス • 好中球脱顆粒 • negative regulation of G0 to G1 transition • 腎臓発生 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
種	ヒト	マウス
Entrez	317	11783
Ensembl	ENSG00000120868	ENSMUSG00000019979
UniProt	O14727	O88879
RefSeq (mRNA)	NM_001160 NM_013229 NM_181861 NM_181868 NM_181869	NM_001042558 NM_001282947 NM_009684
RefSeq (タンパク質)	NP_001151 NP_037361 NP_863651 NP_863658 NP_863659	NP_001036023 NP_001269876 NP_033814
場所 (UCSC)	Chr 12: 98.65 – 98.74 Mb	Chr 12: 90.99 – 91.08 Mb
PubMed検索	[3]	[4]
ウィキデータ
閲覧/編集 ヒト 閲覧/編集 マウス

機能

APAF1遺伝子は、アポトーシス調節ネットワークの中心的なハブの1つを形成する細胞質タンパク質をコードする。APAF1タンパク質は（N末端から）CARDドメイン（英語版）、ATPアーゼドメイン（NB-ARC）、短いヘリカルドメイン、そして数個のWD40リピートドメインを含む。シトクロムcとdATPの結合に伴って、オリゴマーからなるアポトソームを形成する。アポトソームはカスパーゼ-9前駆体を結合して切断し、成熟した活性化型として放出する。この反応の正確な機構については未だ議論があるが、アポトソームはカスパーゼ-9の二量体化を誘導し、その後に自己触媒が行われることが示唆されている^[8]。活性化されたカスパーゼ-9はその後カスパーゼカスケードを刺激し、細胞をアポトーシスに従事させる。

選択的スプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする7種類のバリアントが産生される^[5]。

構造

APAF1は6本のヘリックスからなるグリークキーモチーフを持つCARDドメイン、ロスマンフォールド型のヌクレオチド結合ドメイン、短いヘリカルモチーフ、ウィングドヘリックス（winged-helix）ドメインを含む^[9]。

相互作用

APAF1は次に挙げる因子と相互作用することが示されている。

• APIP（英語版）^[10]
• BCL2L1（英語版）^[11][12]
• CASP9^{[10][11][12][13][14]}
• HSPA4（英語版）^[15]
• NLRP1^[14]