蛍光 in situ ハイブリダイゼーション

蛍光 in situ ハイブリダイゼーション（けいこう イン サイチュー ハイブリダイゼーション、fluorescence in situ hybridization、FISH）とは、蛍光物質や酵素などで標識したオリゴヌクレオチドプローブを用い、目的の遺伝子とハイブリダイゼーションさせ蛍光顕微鏡で検出する手法である。医学分野等では遺伝子のマッピングや染色体異常の検出などで用いられている。また微生物学分野では真正細菌・古細菌の16Sまたは23S rRNAの特異的な配列と相補的なオリゴヌクレオチドプローブを使用し、微生物の群集構造を解析する手法としても用いられている。

22q11.2欠失症候群のFISH

代表的なプローブ（真正細菌用）

プローブ名	配列（5'-3')	結合部位	対象細菌	参考
EUB338	GCTGCCTCCCGTAGGAGT	16S, 338–355	真正細菌	Amann, R. I. et al (1990)
ALF1b	CGTTCGYTCTGAGCCAG	16S, 19–35	α-プロテオバクテリア	Manz, W. et al (1992)
BET42a	GCCTTCCCACTTCGTTT	23S, 1027–1043	β-プロテオバクテリア	Manz, W. et al. (1992)
GAM42a	GCCTTCCCACATCGTTT	23S, 1027–1043	γ-プロテオバクテリア	Manz, W. et al. (1992)
CF319a	TGGTCCGTGTCTCAGTAC	16S, 319–336	サイトファーガ-フラボバクテリア	Manz, W. et al. (1996)
HGCGP	TATAGTTACCACCGCCGT	23S, 1901-1918	高GCグラム陽性菌	Roller, C. et al. (1994)
LGC354b	CGGAAGATTCCCTACTGC	16S, 354–371	低GCグラム陽性菌	Meier, H. et al. (1999)

プローブの標識に使用される代表的な蛍光色素

Cy3, Cy5, FITC etc

手順

1. 試料の固定－パラホルムアルデヒドを用いる
2. 固定した試料のフィルター（径0.22 μm）へ吸着
3. プローブとのハイブリダイゼーション
4. 蛍光顕微鏡での観察

関連技術

• 全菌染色法－DAPI染色法・EB染色法・SYBR GreenⅠ染色法
• 生菌染色法－CTC染色法・CFDA染色法
• CARD-FISH法：FISH法の蛍光強度を高めた応用技術

関連項目

• In situ ハイブリダイゼーション

外部リンク

• Applied and Environmental Microbiology：細菌用FISHに関する論文を多数扱う論文サイト
• Ribosomal Database ProjectⅡ:設計したプローブの特異性をデータベース上で検証するツール