이 정리의 증명은 다음과 같은 두 단계로 나뉜다.
1 단계
첫 번째로 1보다 큰 양의 정수가 소수의 곱으로 표현할 수 있음을 증명한다. 1보다 큰 양의 정수  의 두 번째로 작은 약수는 반드시 소수여야 한다.(첫 번째로 작은 약수는 1이다.) 만약
의 두 번째로 작은 약수는 반드시 소수여야 한다.(첫 번째로 작은 약수는 1이다.) 만약  이 두 번째로 작은 약수이고, 소수가 아니라고 한다면 (즉 합성수라면), 합성수의 정의에 의해서
이 두 번째로 작은 약수이고, 소수가 아니라고 한다면 (즉 합성수라면), 합성수의 정의에 의해서   이면서
이면서  을 나누는 양의 정수
을 나누는 양의 정수  이 존재하게 되고, 따라서
이 존재하게 되고, 따라서  은
은  도 나눌 수 있기 때문에,
도 나눌 수 있기 때문에,  이 두 번째로 작은 약수라는 가정에 모순이 생긴다. 따라서
이 두 번째로 작은 약수라는 가정에 모순이 생긴다. 따라서  은 반드시 소수인 약수를 갖게 되며 이를 다음과 같이 표현할 수 있다.
은 반드시 소수인 약수를 갖게 되며 이를 다음과 같이 표현할 수 있다.

만약, 이 소수라면, 증명은 여기서 종료된다. 하지만,
이 소수라면, 증명은 여기서 종료된다. 하지만,  가 소수가 아니라면,
가 소수가 아니라면, 
 역시 1을 제외한 약수 중에 가장 작은 약수를 소수로 갖기 때문에 다음과 같이 표현할 수 있다.
 역시 1을 제외한 약수 중에 가장 작은 약수를 소수로 갖기 때문에 다음과 같이 표현할 수 있다.

이를 소수만 남을 때까지 반복할 수 있기 때문에, 따라서, 1보다 큰 모든 양의 정수는, 소수의 곱으로 표현 가능하다.
2 단계
두 번째로, 그렇게 표현한 소수의 곱이 (각 인수들의 자리바꿈을 제외한다면) 유일함을 귀류법으로 증명한다. 
만약, 소수의 곱이 유일하지 않은 1보다 큰 양의 정수가 있다고 가정해 보자. 그 수 중에서 제일 작은 수를 n 이라고 한다면,
 (
 ( 이고,
 이고,  와
 와  는 소수, 그리고
는 소수, 그리고  )
)
( 이면,
이면,  인
 인  을 얻을 수 있는데 이는 소수의 곱이 유일하지 않은 1 보다 큰 정수 중 가장 작은 수가 n이라는 가정과 모순된다.)
 을 얻을 수 있는데 이는 소수의 곱이 유일하지 않은 1 보다 큰 정수 중 가장 작은 수가 n이라는 가정과 모순된다.)
한편  이고
이고  과
과  은 동시에
은 동시에  이 될 수 없으므로,
이 될 수 없으므로, 
 이라고 한다면,
 이라고 한다면,  이고,  또한
 이고,  또한  ,
,  이기 때문에,
 이기 때문에,  의 유일한 소인수분해의 표현에는
의 유일한 소인수분해의 표현에는  과
과  가 동시에 존재하여야 한다.
가 동시에 존재하여야 한다.
따라서,  이므로
이므로  (
 ( 는 양의정수)
는 양의정수)

양변을  으로 나누면
으로 나누면

 , 즉
, 즉 
그러나  는
는  보다 작기 때문에 소인수분해가 유일하고,
 보다 작기 때문에 소인수분해가 유일하고,  이면서, 동시에
이면서, 동시에  은 소수이므로, 소수의 곱이 유일하지 않는 양의 정수가 있다는 가정은 모순이다.
은 소수이므로, 소수의 곱이 유일하지 않는 양의 정수가 있다는 가정은 모순이다.