남해해양조사사무소(南海海洋調査事務所)는 국립해양조사원의 소속기관이다. 2002년 10월 2일 발족하였으며, 부산광역시 동구 충장대로 351에 위치하고 있다. 소장은 서기관 또는 기술서기관으로 보한다.