농림축산검역본부 제주지역본부(農林畜産檢疫本部 濟州地域本部)는 농림축산검역본부의 소속기관이다. 2013년 3월 23일 발족하였으며, 제주특별자치도 제주시 청사로 59에 위치하고 있다. 본부장은 서기관 또는 기술서기관으로 보한다.