마산자유무역지역관리원(馬山自由貿易地域管理院)은 자유무역지역의 관리·운영 및 수출산업 지원 사무를 관장하는 대한민국 산업통상자원부의 소속기관이다. 2000년 9월 9일 발족하였으며, 경상남도 창원시 마산회원구 무역로 27에 위치하고 있다. 원장은 서기관 또는 기술서기관으로 보한다.