아열대수산연구소(亞熱帶水産硏究所)는 대한민국 제주도의 연근해에 관한 수산시험 및 연구사업을 관장하는 국립수산과학원의 소속기관이다. 2015년 10월 16일 발족하였으며, 제주특별자치도 제주시 연대마을길 6에 위치하고 있다. 소장은 해양수산연구관 또는 환경연구관으로 보한다.