ക്യോട്ടോ യൂണിവേഴ്സിറ്റി ജപ്പാനിലെ ക്യോട്ടോയിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഒരു ദേശീയ സർവ്വകലാശാലയാണ്. ജപ്പാനിലെ ഏറ്റവും പഴക്കമുള്ള രണ്ടാമത്തെ സർവ്വകലാശാലയും ഏഷ്യയിലെ ഏറ്റവും മികച്ച സർവകലാശാലകളിൽ ഒന്നും ജപ്പാനിലെ നാഷണൽ സെവൻ യൂണിവേഴ്സിറ്റീസിൽ ഉൾപ്പെട്ട സർവ്വകലാശാലയുമാണിത്.