De geschiedenis van de club gaat terug tot 2 november 1945 waarop in het dorp Garstedt (Norderstedt bestond nog niet) de club SV Eintracht Garstedt opgericht werd. De club speelde in de lagere reeksen en toen in 1970 Garstedt samen met de dorpen Harksheide, Friedrichsgabe en Glashütte de stad Norderstedt vormde, werd de nieuwe club 1. SC Norderstedt opgericht waarin Eintracht Garstedt opging. De club werkte zich op tot de Regionalliga Nord en later na meerdere herstructureringen de Regionalliga Nordost. Na het seizoen 2002/03 ging de club failliet. Direct werd navolger FC Eintracht Norderstedt 03 opgericht. In 2008 werd de Oberliga Hamburg weer bereikt en in 2013 promoveerde de club naar de Regionalliga Nord.