Nauta er en by og administrativt senter i provinsen Loreto i regionen Loreto i Peru, rundt 100 km sør for regionhovedstaden Iquitos. Byen ligger på nordbredden av elva Marañón, 15 kilometer vest for der denne løper sammen med Ucayali og danner Amazonas. Nauta har rundt 15 000 innbyggere.