1627 - Em fins de abril ou início de maio foi fundada pelo padre Roque Gonzáles a Redução Jesuítica de Nossa Senhora da Candelária do Ibicuí, a segunda do estado do Rio Grande do Sul, próximo da atual Praia do Jacaquá. Perdurou até 1832, quando foi destruída e sua população foge dos bandeirantes, deslocando-se para fundar Santo Tomé.[8]
1632 - em 13 de Junho, foi fundada a da Redução Jesuítica São Thomé do Ibicuí, onde hoje é a conhecida "Gruta São Tomé". Os fundadores foram os padres Manuel Bertot, Luis Ernot, Romero, Cristóvão Mendoza e Paulo Benavides.[8][9][10]
1801 - Após os portugueses conquistarem da Espanha a região das missões, guardas de milicianos portugueses são instaladas ao norte do Rio Ibicuí. Uma delas é a guarda de São Francisco de Assis, cujo Forte foi construído à margem esquerda do rio Inhacundá[11][12][13][14]
1809 - Início da povoação permanente, ao redor do Forte[15].
1834 - Chegada de famílias imigrantes alemãs, lideradas por Heinrich Jacob Reichert.[8]
1923 - Revolução de 1923, palco de duros combates entre governistas (Ximangos, republicanos) e oposição (Maragatos, federalistas). O combate trouxe muitas consequências para a sociedade da época, não só para São Francisco Assis mas para todo o Rio Grande do Sul. Houve uma grande parada econômica devido a falta de mão-de-obra, na época composta quase exclusivamente por homens.[16]
Economia
A economia de São Francisco de Assis alicerçada no setor primário, destaca-se pela grande produção de grãos e geração de renda através da pecuária. Cerca de R$ 45 milhões são gerados através das diversas culturas, como soja cuja área plantada é de mais de 17 mil hectares, com produtividade de 2,4 ton/ha. Outras culturas são de milho (4.200 ha), arroz (4.700 ha), fumo (1.000 ha) e trigo (610 ha), conforme dados fornecidos pela Emater/RS. O comércio e a prestação de serviços, em pleno desenvolvimento, são outras fontes de renda, que geram receitas para o município de São Francisco de Assis, sendo que nos últimos anos têm mostrado um grande crescimento.[17]
Agroindústrias
O Programa de Desenvolvimento Agroindustrial de São Francisco de Assis foi instituído em 2006 (pela lei municipal nº 183/06), com incentivos de programas sociais do Governo Federal como "Mais Alimentos" e Pronaf, com o objetivo principal de inserir o produtor familiar no processo produtivo, através do incentivo à produção in natura e ao processamento agroindustrial de produtos de origem vegetal e animal. Hoje o município conta com 18 agroindústrias, distribuídas, em sua grande maioria, no interior do município[18]