Гистондеацетилаза 3

Гистондеацетилаза 3 (англ. Histone deacetylase 3) — фермент, кодируемый у человека геном HDAC3 ^[5][6].

Гистондеацетилаза 3
Доступные структуры PDB Поиск ортологов: PDBe RCSB Список идентификаторов PDB 4A69
Идентификаторы
Псевдонимы	HDAC3, HD3, RPD3, RPD3-2, histone deacetylase 3
Внешние ID	OMIM: 605166 MGI: 1343091 HomoloGene: 48250 GeneCards: HDAC3
Расположение гена (человек) Хр. 5-я хромосома человека[1] Локус н/д Начало 141,620,876 bp[1] Конец 141,636,870 bp[1]
Расположение гена (Мышь) Хр. 18-я хромосома мыши[2] Локус 18 19.81 cM|18 B3 Начало 38,068,897 bp[2] Конец 38,088,069 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК Bgee Человек Мышь (ортолог) Наибольшая экспрессия в right hemisphere of cerebellum right adrenal cortex left adrenal cortex skin of leg skin of abdomen right lobe of thyroid gland Наибольшая экспрессия в ventricular zone tail of embryo muscle of thigh primary visual cortex Дополнительные справочные данные BioGPS Дополнительные справочные данные
Генная онтология Молекулярная функция NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) transcription corepressor activity histone deacetylase activity protein deacetylase activity transcription factor binding histone deacetylase binding chromatin binding NF-kappaB binding связывание с белками плазмы enzyme binding гидролазная активность cyclin binding Компонент клетки цитоплазма histone deacetylase complex цитозоль аппарат Гольджи клеточная мембрана transcription repressor complex нуклеоплазма spindle microtubule клеточное ядро mitotic spindle Биологический процесс histone H3 deacetylation positive regulation of protein phosphorylation ДНК-зависимая регуляция транскрипции regulation of protein stability негативная регуляция апоптоза negative regulation of transcription by RNA polymerase II cellular response to fluid shear stress транскрипция, ДНК-зависимая spindle assembly protein deacetylation negative regulation of JNK cascade циркадный ритм negative regulation of myotube differentiation negative regulation of transcription, DNA-templated histone deacetylation positive regulation of TOR signaling положительная регуляция транскрипции РНК полимеразой II промотор negative regulation of nucleic acid-templated transcription regulation of lipid metabolic process chromatin organization positive regulation of protein import into nucleus histone H4 deacetylation positive regulation of cold-induced thermogenesis positive regulation of protein ubiquitination circadian regulation of gene expression regulation of circadian rhythm ритмический процесс Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи Вид Человек Мышь Entrez 8841 15183 Ensembl ENSG00000171720 ENSMUSG00000024454 UniProt O15379 O88895 RefSeq (мРНК) NM_003883 NM_010411 RefSeq (белок) NP_003874 NP_001341968 NP_001341969 NP_001341970 NP_034541 Локус (UCSC) Chr 5: 141.62 – 141.64 Mb Chr 18: 38.07 – 38.09 Mb Поиск по PubMed Искать[3] Искать[4]
Информация в Викиданных
Смотреть (человек) Смотреть (мышь)

Функция

Гистоны играют важнейшую роль в регуляции транскрипции, клеточного цикла и процессов развития. Ацетилирование/деацетилирование гистонов изменяет структуру хромосом и влияет на доступ факторов транскрипции к ДНК. Белок, кодируемый этим геном принадлежит семейству гистондезацетилаз/acuc/APHA. Он имеет функциональность гистондеацетилазы и подавляет транскрипцию, когда связан с промотором. Он может участвовать в регуляции транскрипции путём связывание с фактором транскрипции цинковый палец YY1 . Этот белок также может негативно регулировать функцию p53 и, таким образом, модулировать рост клеток и апоптоз. Этот ген рассматривается в качестве потенциального гена-супрессора опухоли^[7].

Этот фермент участвует в координации синантропного бактериально-зависимого кишечного гомеостаза при экспрессии в эпителиальных клетках кишечника.

Альтернативные функции

Гистондезацетилазы могут регулировать с помощью эндогенных факторов, биологически активных компонентов, синтетических ингибиторов и бактериально полученных сигналов. Исследования на мышах с определённой делецтией HDAC3 в эпителиальных клетках кишечника^[англ.] (IEC) показали экспрессию гена дерегулированных IEC. В этих делециях мутантных мышей, наблюдались потеря клеток Панета, нарушение функции IEC и изменения в составе кишечных комменсальных бактерий. Тот факт что эти негативные эффекты не наблюдались у стерильных мышей, указывает на то, что эффекты делеции видны только в присутствии кишечной микробной колонизации. Но негативные последствия делеций HDAC3 происходят не из-за наличия изменённого микробиоценоза, потому что колонии нормальных стерильных мышей с изменённой микрофлорой не показали негативных эффектов, наблюдаемых у делеционных мутантов.

Хотя точный механизм и специфика сигналов не вполне понятны, ясно что HDAC3 взаимодействует с полученными сигналами синантропных бактерий кишечной микрофлоры. Эти взаимодействия ответственны за калибровки откликов эпителиальных клеток в плане необходимости установки нормальных отношений между хостовыми и синантропными клетками, а также для поддержания кишечного гомеостаза^{[8][9][10][11]}.

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при исследовании функций HDAC3. Условная линия нокаутных мышей, называемая Hdac3^{tm1a(EUCOMM)Wtsi [12][13]} была создана в рамках программы международного Консорциума нокаутных мышей^[англ.], проектом мутагенеза с высокой пропускной способностью генерирации и распространения животных моделей болезней заинтересованным ученым^[14][15][16].

Мужские и женские особи проходили стандартизированный фенотипический скриннинг для определения последствий делеции^[17][18].

Двадцать шесть тестов проводились на мутантных мышах и наблюдались два существенных нарушения^[17]. Не было гомозиготных мутантных эмбрионов определено во время беременности, и в отдельных исследованиях ни доживали до конца лактации. Остальные тесты были проведены на гетерозиготных мутантных взрослых мышах; никаких существенных отклонений не наблюдались у этих животных^[17].

Взаимодействия

HDAC3, как было выявлено, взаимодействует с:

• CBFA2T3^[19][20],
• CCND1^{[англ.][21][22]},
• GATA1^[23],
• GATA2^{[англ.][24]},
• GPS2^[25],
• GTF2I^{[англ.][26][27]},
• HDAC4^{[28][29][30][31]},
• HDAC5^{[29][30][25][31]},
• HDAC7^[28],
• HDAC9^[32][33],
• MAP3K7IP2^{[англ.][34]},
• MAPK11^{[англ.][35]},
• NCOR1^{[англ.][28][30][25][36][37][38][39]},
• NCOR2^{[30][40][36][37][38][39][41]},
• PPARD^[англ.],
• PPARG^[42][43],
• PML^[44]
• RBBP4^[45],
• RELA^[46],
• RP^[47][48],
• RUNX2^{[англ.][49]},
• SUV39H1^[50],
• TCP1^{[англ.][41]},
• TBL1X^{[англ.][25][40]},
• TR2^{[англ.][51][42][52]},
• Убиквитин C^{[англ.][53]},
• YY1^{[англ.][54][55]}, и
• ZBTB33^{[англ.][36]}.

См. также

• Деацетилазы гистонов