Типовые экземпляры

Типовы́е экземпля́ры в биологической систематике выступают как объективные носители научного названия вида или подвида живых организмов либо ассоциации или субассоциации живых организмов. Типовые экземпляры необходимо хранить в общественных коллекциях (например, коллекциях национальных музеев, научно-исследовательских институтов или университетов) и маркировать недвусмысленным образом, чтобы обеспечить их доступность для дальнейшего изучения.

В ботанической номенклатуре

В Международном кодексе номенклатуры водорослей, грибов и растений имеется только один термин тип, под которым понимается конкретный гербарный образец (экземпляр) или детальное изображение растения, на котором основано описание.

Автентичные (аутентичные) экземпляры (образцы) (лат. specimina aullientica) — автентики, аутентики — подлинные образцы таксона, использованные для составления протолога данного таксона^[1].

Автотип (лат. autotypus) — а) гербарный образец вида или внутривидового таксона, определённый и подписанный автором данного таксона; б) типовой вид монотипного при первоописании рода^[1].

Голотип (лат. holotypus) — гербарный (или иной другой) образец растения, использованный при составлении протолога нового вида или внутривидового таксона и обозначенный самим автором как его номенклатурный тип. Голотип выбирается только автором нового таксона и объявляется в протологе. Если в протологе в качестве типа процитирован только один образец, его нужно считать голотипом, даже если автором таксона это специально не оговорено. В практике голотип обычно называют «типом» (так пишут и в протологах), хотя эти слова не синонимы^[1].

Изотип (лат. isotypus) — дубликат голотипа, то есть часть того же сбора, который включает голотип. Этикетка изотипа должна быть идентичной этикетке голотипа. Нельзя путать изотипы с частями (фрагментами) типа^[1].

Котип (лат. cotypus) — устаревшее обозначение паратипа и синтипа^[1].

Лектотип (лат. lectotypus, от lectus — избранный, выбранный) — номенклатурный тип вида или внутривидового таксона, выбранный из аутентичного (подлинного) материала, на котором основан таксон (то есть составлен его протолог), в случае: а) когда в протологе ни один из перечисленных образцов не обозначен как голотип; б) при утрате или безнадёжной порче голотипа. В отличие от неотипа лектотип всегда выбирается из образцов, процитированных при первоописании, то есть синтипов и паратипов^[1]. Процесс выделения и обозначения лектотипа называется лектотипификацией.

Неотип (лат. neotypus) — образец таксона (обычно гербарный), избранный в качестве номенклатурного типа в случае полной утраты автентичных образцов. При наличии автентиков из них выбирается лектотип, который всегда имеет преимущество перед неотипом^[1].

Паратип (лат. paratypus) — образец, цитируемый в протологе помимо голотипа, обычно с пометкой «паратип» либо в рубриках «изученные образцы», «исследованные образцы» и т. п. Если голотип не назван, то для этого таксона не будет и паратипа, так как в таком случае все цитируемые в протологе образцы являются синтипами. Предлагалось называть паратипами синтипы, остающиеся после выбора из них лектотипа, но это предложение пока не получило одобрения Международного ботанического конгресса^[1].

Синтип (лат. syntypus) — любой из двух или нескольких образцов нового таксона, цитируемых автором в протологе (или — у авторов XVIII столетия — известных как исследованные при подготовке протолога), если не указан голотип^[1].

Типовые образцы (лат. specimina typica), типовой материал — образцы таксона, процитированные в протологе: голотип, изотипы, паратипы, синтипы^[1].

Часть типа, фрагмент типа (лат. fragmentum typi) — часть типового образца (голотипа, лекто-, нео-, пара-, синтипа), наклеенного (подшитого) из-за больших размеров растения на два или несколько гербарных листов^[1].

В зоологической номенклатуре

В зоологической номенклатуре имеется разветвлённая терминология, отражающая тот или иной статус типовых экземпляров. В Международном кодексе зоологической номенклатуры выделяют голотип и паратипы, лектотип и паралектотипы, синтипы, а также неотип. Помимо этого, для специального случая с культурами простейших выделяют так называемый гапантотип. Имеется также ряд других терминов, не рекомендованных к использованию, например, аллотип (у раздельнополых организмов — типовой экземпляр противоположного голотипу пола).

Голотипом называют единственный экземпляр, за которым автором описания вида или подвида закреплено название описываемового таксона. Паратипами называют все остальные экземпляры, на которых основано первоначальное описание. Как голотип, так и паратипы может обозначить только сам автор описания таксона.

В случае, если автор не указал, какой из экземпляров следует считать голотипом, все экземпляры, упомянутые в описании, считаются синтипами. Последующие авторы при проведении ревизии группы обязаны обозначить один экземпляр из числа синтипов как аналог голотипа — лектотип, а остальные — как паралектотипы.

Если экземпляры, на которых было основано первоначальное описание, не сохранились, то в сложных номенклатурных ситуациях следует обозначать неотип — экземпляр, наделённый функциями голотипа.

Гапантотип — это совокупность простейших (различных форм и иногда даже фаз жизненного цикла), представленная на одном микроскопическом препарате. Среди особей, смонтированных в один гапантотип, не выделяют ни голотипа и паратипов, ни лектотипа и паралектотипов.

В микробиологической номенклатуре

Микробиологическая номенклатура регулируется Международным кодексом номенклатуры прокариот^[англ.], который устанавливает различные требования к номенклатурным типам в зависимости от даты описания биологического вида. Для видов или подвидов, которые были описаны позднее 2000 года, под номенклатурным типом может пониматься только поддерживаемая чистая культура типового штамма микроорганизмов, экспонируемая как минимум в двух общественно доступных коллекциях в двух разных странах. В случае же, если вид или подвид был описан ранее 2001 года, а его культура до сих пор не была получена, в качестве номенклатурного типа может фигурировать словесное описание, сохранённый образец (препарат) или иллюстрация. Однако, при выделении культуры этого вида она становится типовым штаммом, замещая первоначальный номенклатурный тип^[2].

Голотипом называют штамм, за которым автором описания вида или подвида закреплён статус типового. В случае утраты голотипа в качестве типового экземпляра может быть предложен новый штамм — неотип — в случае соблюдения некоторых условий публикации. Неотип получет статус установленного по прошествии 2 лет после публикации в IJSEM^[англ.] (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology), в случае, если со стороны Комиссии не поступает возражений^[2].

Международный кодекс номенклатуры прокариот также считает валидными описания цианобактерий, выполненные в соответствии с Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений, традиционно охватывающий эту группу прокариот. В случае, если описание вида или подвида цианобактерий регулируется этим кодексом, он же регулирует и правила по установлению номенклатурного типа^[2].

Значительное количество видов прокариот описывается только по генетическим данным (в первую очередь, благодаря метагеномике) и не культивируется. В связи с этим, неоднократно поступали предложения позволить устанавливать в качестве номенклатурного типа последовательность ДНК описываемого вида, чтобы такие описания также были валидными. По состоянию на 2025 год, это предложение не было принято в полной мере. Однако, такие описания могут фигурировать под названием Candidatus (например, Candidatus Brocadia anammoxidans), которые регулируются отдельной главой Международного кодекса номенклатуры прокариот, однако не имеют приоритета перед описаниями, основанными на типовых штаммах. Это означает, что после выделения чистой культуры первенство описания перейдёт к тому, кто опубликует эту культуру, которая при соблюдении описанных выше условий станет типовым штаммом^[2].

Эти положения были приняты не всеми микробиологами, в связи с чем Международное общество микробной экологии^[англ.] (ISME) выпустило другой номенклатурный кодекс, SeqCode (Кодекс номенклатуры прокариот, описанных по данным [генетических] последовательностей), независимый от Международного кодекса номенклатуры прокариот.

Согласно SeqCode, номенлатурным типом может являться последовательность ДНК, соответствующая минимальным стандартам для геномных последовательностей, определяемым Комитетом SeqCode, а также доступная в базе данных INSDC^[англ.] (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). В случае утраты номенклатурного типа или установления его сомнительности, может быть предложен неотип^[3].

Международный кодекс номенклатуры прокариот не признаёт валидность описаний, выполненных в соответствии с положениями SeqCode^[2].

В вирусологической номенклатуре

Вирусологическая номенклатура регулируется Международным кодексом классификации и номенклатуры вирусов^[исп.], который не использует присущую другим кодексам терминологию применительно к задачам типизации описываемых видов (в частности, в нём отсутствуют понятия «номенклатурный тип», «типовые экземпляры», «голотип», «неотип». Однако, Кодекс предъявляет определённые требования к первоописаниям видов, сходные с таковыми для других номенклатурных кодексов. В частности, вид может быть установлен только в том случае, если известна его геномная последовательность (РНК или ДНК), которая содержит как минимум полный набор генов, кодирующих белки, и доступна в базе данных INSDC^[англ.] (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)^[4].

В номенклатуре культурных растений

Номенклатура культиваров (сортов) и их групп, грексов и прививочных химер растений, полученных в результате селекции, регулируется Международным кодексом номенклатуры культурных растений. В этом кодексе устанавливается понятие номенклатурного стандарта — экземпляра, за которым может быть закреплено название культивара или группы культиваров (грексы и прививочные химеры не имеют номенклатурных стандартов, так как определяются только на основании происхождения). В качестве номенклатурного стандарта может выступать гербарный образец, при недоступности такового или в случае, если основные признаки не могут быть показаны на гербарном образце, — изображение, опубликованное на бумажном носителе. Образец нового культивара должен быть направлен в Международный орган по регистрации культиваров^[англ.] или в известный научный гербарий^[5].

Номенклатурный тип биологического вида, определяемый Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений, может по совместительству быть номенклатурным стандартом для культивара или группы культиваров^[5].

В фитосоциологической номенклатуре

Номенклатура растительных сообществ (синтаксонов) регулируется Кодексом фитосоциологической номенклатуры, в котором, в частности, устанавливается терминология, отражающая статус типовых экземпляров для синтаксонов ранга ассоциации и субассоциации (в этом отношении аналогичных рангу вида и подвида для идиотаксонов). Под типом для ассоциации понимается опубликованное геоботаническое описание, которое впоследствии не может быть исправлено. Это описание обязано содержать имяобразующий таксон (имяобразующие таксоны) этой ассоциации^{[Комментарий 1][6]}.

Голотипом называют единственное описание, данное автором названия синтаксона, либо выбранное им из числа нескольких сделанных описаний. В случае, если автор не указал, какое из описаний следует считать голотипом, при ревизии необходимо обозначить одно из них как аналог голотипа — лектотип, снабжаемый недвусмысленной ссылкой на оригинальный диагноз. В случае, если в этом диагнозе отсутствует геоботаническое описание и приводится лишь сводная таблица видов, то устанавливается неотип — новое типовое описание этого синтаксона. Рекомендуется выбирать в качестве неотипа ассоциацию, по возможности как можно более близкую к географическому району, в котором был осуществлён оригинальный диагноз^[6].

См. также

• Номенклатурный тип
• Типовой вид
• Типовой род