Beta barel

Beta barel je velika beta ravan koja je uvijena u namotaj tako da je u formiranoj zatvorenoj strukturi prvi prvi lanac vodonično vezan za poslednji. Beta-lanci u beta-barelima su tipično raspoređeni na antiparalelan način. Barelne strukture su često prisutne u porinima i drugim proteinima koji premoštavaju ćelijske membrane, kao i u proteinima koji vezuju hidrofobne ligande unutar barelnog centra, na primer u lipokalinima. Porinu slične barelne strukture kodira mnoštvo gena, do 2–3% gena kod gram-negativnih bakterija.^[1]

Kanonički beta-barel protein, porina specifičnog za saharozu iz bakterije Salmonella typhimurium, prikazan s bočne stane. Porini su transmembranski proteini sa šupljim centrima koji mogu da omoguće difuziju malih molekula.

Ljudski retinol-vezujući protein (RBP), kanonički lipokalinski osmolančani barel koji vezuje retinol (vitamin A).

U mnogim slučajevima lanci sadrže naizmenične polarne i hidrofobne aminokiseline, pri čemu su hidrofobni ostaci orijentisani ka unutrašnjosti barela i formiraju hidrofobno jezgro, dok su polarni ostaci orijentisani ka spoljašnjoj površini barela koja je u dodiru sa rastvaračem. Porini i drugi membranski proteini koji sadrže beta barele imaju reverzni patern, tako da su hodrofobni ostaci orijentisani ka spoljašnjosti gde su u kontaktu sa okružujućim lipidima, dok su hidrofilni ostaci orijentisani kao unutrašnjosti pore.

Beta-bareli se mogu klasifikovati na osnovu dva celobrojna parametra: broju lanaca u beta-ravni, n, i „broja zakrivljenosti「, S, meri zanošenja lanaca u beta-ravni.^[2] Ta dva parametra (n i S) su srodna sa uglom inklanacije beta lanaca relativno na osu barela.^[3][4]