Ramačandranov dijagram

Ramačandranov dijagram (Ramačandranov grafikon, [φ,ψ] grafikon), koji su originalno (1963.) razvili G. N. Ramačandran, C. Ramakrišnan, and V. Sasisekharan,^[1] je način vizuelizacije diedralnih uglova ψ naspram φ aminokiselinskih ostataka proteinske strukture. Slika levo ilustruje definiciju φ i ψ diedralnih uglova osnove lanca^[2] (φ i φ' po Ramačandranu). Ugao ω peptidne veze je normano 180°, pošto parcijalni karakter dvostruke veze drži peptid u ravni.^[3] Slika gore desno prikazuje dozvoljene φ,ψ konformacione regione osnove lanca po Ramačandranu et al. iz 1963. i 1968, koristeći proračune trvdih sfera: pun radijus je prikazan punim linijama, redukovani radijus isprekidanim, i relaksirani tau (N-C_alfa-C) ugao tačkastim linijama.^[4] Pošto su vrednosti diedralnih uglova cirkularne i 0° je isto što i 360°, ivice Ramačandranovog dijagrama se „obmotavaju“, leva strana sa desnom, i dno sa vrhom. Na primer, mala traka dozvoljenih vrednosti duž donjeg levog ugla grafikona je nastavak velikog regiona gore levo.

Originalni relaksirani tau φ,ψ regioni Ramašandrana

Diedralni uglovi φ i ψ (i ω) proteinske osnove

Ramačandranov grafikon generisan za ljudski PCNA, protein trimerne DNK stege koji sadrži β-ravan i α-heliks (1AXC). Crveno, smeđe i žuto obojeni regioni predstavljaju favorizovane, dozvoljene i „generalno dozvoljene“ regione po ProCheck definiciji