Superfamilija (proteini)

Superfamilija (SUPERFAMILY) je baza podataka koja sadrži strukturnu i funkcionalnu anotaciju svih proteina i genoma.^{[1][2][3][4][5]}

SUPERFAMILY

Kontent
Opis	Baza podataka SUPERFAMILY sadrži strukturnu i funkcionu anotaciju svih proteina i genoma.
Tipovi podataka	Proteinske familije, anotacija genoma, poravnavanja sekvenci, HMM modeli
Organizam	all
Kontakt
Istraživački centar	Univerzitet u Bristolu
Laboratorija	Džulijan Gof
Primarna citacija	PMID 19036790
Pristup
Format podataka	FASTA format
Veb stranica	SUPERFAMILY vebsajt
URL za preuzimanje	SUPERFAMILY
Alati
Razno
Licenca	GNU-ova opšta javna licenca
Verzija	1.75

Ova anotacija bazirana na kolekciji skrivenih Markovljevih modela, koji predstavljaju strukturne proteinske domene na nivou SCOP superfamilije.^[6] Grupe superfamilije formiraju domene koji imaju evolucione odnose. Anotacija je formirana skeniranjem proteinskih sekvenci kompletno sekvenciranih genoma koristeći skrivene Markovljeve modele.

Za svaki protein se može:

• Poslati sekvenca za SCOP klasifikaciju
• Razmatrati organizacija domena, poravnavanja sekvenci i detalji proteinskih sekvenci