Molekulska mehanika
From Wikipedia, the free encyclopedia
Molekulska mehanika koristi klasičnu mehaniku za modelovanje molekularnih sistema. Potencijalna energija svih sistema u molekulskoj mehanici se izračunava koristeći polja sila. Molekulska mehanika se može koristiti za izučavanje molekulskih sistema u opsegu veličina i kompleksnosti od malih do velikih bioloških sistema ili materijalnih skupina sa od više hiljada do više miliona atoma.
Sve-atomistički molekulsko mehanički metodi imaju sledeća svojstva:
- Svaki atom se simulira kao jedna čestica
- Svakoj čestici se dodeljuje prečnik (tipično Van der Valsov radijus), polarizabilnost, i konstantno neto naelektrisanje (generalno izvedeno iz kvantnih proračuna i/ili eksperimentalnih merenja)
- Interakcije vezivanja se tretiraju kao opruge sa ravnotežnim rastojanjem jednakim eksperimentalnoj ili izračunatoj dužini veze
Varijante ovog pristupa su moguće. Na primer, mnoge simulacije su istorijski koristile ujedinjenu atomku reprezentaciju u kojoj je svaka terminalna metil grupa ili intermedijarna metilenska jedinica smatrana jednom česticom, i veliki proteinski sistemi su obično simulirani koristeći model perli koji pripisuje dve to četiri čestice svakoj aminokiselini.